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基于SSR荧光标记技术的玉米群体混合样本基因频率分析方法
引用本文:刘晓鑫,谢传晓,赵琦,路明,曲延英,张滨,梁业红,张世煌.基于SSR荧光标记技术的玉米群体混合样本基因频率分析方法[J].中国农业科学,2008,41(12):3991-3998.
作者姓名:刘晓鑫  谢传晓  赵琦  路明  曲延英  张滨  梁业红  张世煌
作者单位:中国农业科学院作物科学研究所玉米研究中心/农业部作物遗传育种学重点实验室,新疆农业大学,首都师范大学
基金项目:CGIAR Generation Challenge Program项目 , 国家高技术研究发展计划(863计划)  
摘    要: 【目的】建立玉米群体混合样本等位基因及其频率的分析方法。【方法】采用ABI全自动遗传分析仪,利用5′端荧光标记的SSR引物,通过混合样本中PCR扩增产物检测峰高与丰度对应,分析基因频率。【结果】与聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法相比,ABI全自动遗传分析仪的检测灵敏度高。20个供试玉米群体中,荧光引物Phi072(6-Fam)共检测到82个等位基因位点,平均每个群体4.1个;引物Phi084(Hex)检测到43个等位基因位点,平均每个群体2.15个。多重PCR(multiplex PCR)荧光SSR检测结果显示,可以明确区分不同等位基因。荧光SSR能准确地读出片段大小,定量PCR扩增产物的丰度。用GeneScan获取数据,用Genotyper软件对数据进行设置与输出,使用R软件的FREQS-R模块,初步探讨利用荧光SSR定量化数据,计算供试群体15个单株混合样本的等位基因频率。【结论】可通过荧光SSR产物的丰度来确定混合取样群体的基因频率。

关 键 词:荧光SSR  玉米群体  混合样本  基因频率
收稿时间:2006-4-7

Establishment of Fluorescent SSR Technique on Detecting Allelic Frequency in Maize(Zea mays L.)Populations with Bulk Sampling Strategy
LIU Xiao-xin,XIE Chuan-xiao,ZHAO Qi,LU Ming,QU Yan-ying,ZHANG Bin,LIANG Ye-hong,ZHANG Shi-huang.Establishment of Fluorescent SSR Technique on Detecting Allelic Frequency in Maize(Zea mays L.)Populations with Bulk Sampling Strategy[J].Scientia Agricultura Sinica,2008,41(12):3991-3998.
Authors:LIU Xiao-xin  XIE Chuan-xiao  ZHAO Qi  LU Ming  QU Yan-ying  ZHANG Bin  LIANG Ye-hong  ZHANG Shi-huang
Abstract:
Keywords:Fluorescent SSR  Maize population  Bulk sampling  Allelic frequencies
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