基因芯片分析芜菁雌蕊退化突变体tpa及野生型开放花的转录组差异 |
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引用本文: | 吴剑锋,张海娟,卢海宇,王芳展,余小林.基因芯片分析芜菁雌蕊退化突变体tpa及野生型开放花的转录组差异[J].中国农业科学,2011,44(5):972-981. |
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作者姓名: | 吴剑锋 张海娟 卢海宇 王芳展 余小林 |
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作者单位: | (浙江大学蔬菜科学研究所/农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室); |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(30771377); 浙江省科技计划项目(2009C32029); 浙江省自然科学基金项目(Y3090294); 教育部留学回国人员科研启动基金项目(2009-1001); 浙江省人事厅留学回国基金项目(J20090028) |
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摘 要: | 【目的】基于转录组水平分析芜菁雌蕊退化突变(turnip pistil aborted, tpa)发生的可能原因,为揭示芸薹属作物雌蕊发育的分子遗传调控机制提供研究依据。【方法】 利用tpa及其野生型植株的开放花制备的mRNA反转录成cDNA与拟南芥ATH1芯片进行杂交,筛选出在tpa及其野生型植株中表达有差异的基因,并利用RT-PCR技术对芯片筛选出的基因进行验证。【结果】获得了152个在野生型(W1)和完全退化株(M3)转录组中差异表达的基因,61个在W1和部分退化株(I2)转录组中差异表达的基因,以及24个在I2和M3转录组中差异表达的基因,上述差异基因分别属于细胞壁合成与调控、防卫与胁迫反应、转录调控、蛋白质代谢以及普通新陈代谢等9个不同的功能类别。通过对41个基因的RT-PCR验证,获得了At2g42840、At1g57750、At5g20630、At2g03090、At3g08030、At5g08000、At2g28790、At5g63310和At2g24270等9个在tpa及野生型植株中具显著不同的时空表达特性的基因。【结论】 拟南芥cDNA 芯片可用于分析tpa及其野生型基因的转录差异,筛选获得的9个显著差异基因不但在雌蕊发育等生殖发育过程起重要作用,还参与了植物营养生长的生理生化过程。
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关 键 词: | 芜菁 拟南芥cDNA芯片 雌蕊发育 基因表达 转录 |
收稿时间: | 2010-09-28; |
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