| 不同植物CHI基因密码子使用特性及其影响因素分析 |
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| 引用本文： | 蒋守华,陈香华,李闯,贾波,李刚,刘满霞,赵祥祥,秦进华.不同植物CHI基因密码子使用特性及其影响因素分析[J].扬州大学学报(农业与生命科学版),2020,41(1):76-84. |
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| 作者姓名： | 蒋守华 陈香华 李闯 贾波 李刚 刘满霞 赵祥祥 秦进华 |
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| 作者单位： | 江苏徐淮地区淮阴农业科学研究所,江苏淮安223001;淮阴师范学院江苏省环洪泽湖生态农业生物技术重点实验室,江苏淮安223001 |
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| 基金项目： | 江苏省环洪泽湖生态农业生物技术重点实验室开放基金;淮安市农业科学研究所科研项目 |
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| 摘 要： | 查耳酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成早期阶段的一个关键酶,在种皮发育和颜色形成过程中具有重要的调控作用,利用生物信息学软件分析22种植物CHI基因的密码子使用偏好性特点及其影响因素。结果表明:单子叶植物CHI基因偏好以碱基G/C结尾,而双子叶植物对碱基G/C和A/U结尾的偏好程度相似,双子叶植物具有较高的ENC值和较低的Fop值,表明双子叶植物CHI基因具有较弱的密码子偏好性; RSCU值聚类分析显示,AGG、AGA可能为植物CHI基因最优密码子;影响因素分析表明,不同植物CHI基因密码子不同位置的碱基组成差异程度较大,其偏好性主要受自然选择作用中的碱基组成(GC3s、GC12)影响较大,氨基酸平均亲水性(Gravy)对密码子使用偏好也有一定的影响;系统进化显示,大部分亲缘关系较近的物种密码子使用偏性也较相似,但某些传统分类上相似的物种存在一定的差异。
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| 关 键 词： | 植物 CHI基因 密码子使用偏好性 影响因素 |
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