| 拟南芥和水稻cystatin基因家族的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 杨泽峰,顾世梁,许花,徐辰武.拟南芥和水稻cystatin基因家族的生物信息学分析[J].扬州大学学报(农业与生命科学版),2007,28(3):51-57. |
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| 作者姓名： | 杨泽峰 顾世梁 许花 徐辰武 |
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| 作者单位： | 扬州大学,江苏省作物遗传生理重点实验室,江苏,扬州,225009 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究计划项目(973-2006CB101707)，国家自然科学基金资助项目(30270724,30370758)，教育部新世纪优秀人才支持计划项目(NCET-05-0502)，江苏省研究生科研创新计划项目 |
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| 摘 要： | 利用已经分离的植物半胱氨酸蛋白酶抑制剂(cystatin)基因的cystatin结构域为检索序列在基因组水平上对拟南芥和水稻中的cystatin基因家族的成员进行分析;同时利用这些基因编码的蛋白质序列构建系统发生树,并对这些蛋白序列的保守序列进行分析;最后在GenBank的EST数据库中查找这些基因的ESTs表达序列。结果表明:1结合结构域的鉴定、多序列联配以及MEME分析最终确定了7个拟南芥和11个水稻的cystatin基因。2系统发生分析表明,cystatin基因的基本特征很可能是在拟南芥和水稻的分离之前就已经形成。3 cystatin结构域在蛋白质间高度保守。4拟南芥和水稻的cystatin基因主要在花、叶、根、种子和愈伤组织中表达,这有助于植物避免昆虫的侵害。
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| 关 键 词： | 拟南芥 水稻 半胱氨酸蛋白酶抑制剂 基因家族 |
| 文章编号： | 1671-4652（2007）03-0051-07 |
| 修稿时间： | 2006-08-20 |
Bioinformatic analysis of the cystatin gene family in Arabidopsis and rice |
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| YANG Ze-feng,GU Shi-liang,XU Hua,XU Chen-wu.Bioinformatic analysis of the cystatin gene family in Arabidopsis and rice[J].Journal of Yangzhou University:Agricultural and Life Science Edition,2007,28(3):51-57. |
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| Authors: | YANG Ze-feng GU Shi-liang XU Hua XU Chen-wu |
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| Institution: | Key Lab of Crop Gen and Physio of Jiangsu Prov, Yangzhou Univ, Yangzhou 225009, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Arabidopsis rice cysteine proteinase inhibitor gene family |
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