苋菜AmSPL基因家族转录组鉴定及表达分析 |
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引用本文: | 陈家兰,赵春丽,王晓,郑友峰,赖钟雄,刘生财.苋菜AmSPL基因家族转录组鉴定及表达分析[J].中国农业大学学报,2020,25(12):19-29. |
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作者姓名: | 陈家兰 赵春丽 王晓 郑友峰 赖钟雄 刘生财 |
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作者单位: | 福建农林大学 园艺植物生物工程研究所, 福州 350002 |
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基金项目: | 福建省自然科学基金(2018 J01700);福建农林大学科技创新专项基金(CXZX2017174,CXZX2016118,CXZX2017189);福建省高原学科建设经费(102/71201801101) |
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摘 要: | 为明确SPL(Squamosa Promoter Binding Protein Like)在苋菜中的功能,基于‘全红’苋菜转录组数据库筛选获得17个SPL家族成员,并进行生物信息学分析预测。结果表明,17 个AmSPL蛋白分别由186~777 个氨基酸组成,相对分子量从20.53~88.27 ku。构建AmSPL与拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)16个AtSPL成员系统进化树,并根据AtSPLs基因家族的分类标准将AmSPL成员分为6组。实时荧光定量PCR分析表明,在黑暗条件下,AmSPLs的表达量均高于蓝光下,推测AmSPLs的表达可能通过某种方式受到蓝光的负调控。预测分析其中的8 个AmSPL可能是miR156的靶基因。
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关 键 词: | 苋菜 转录组测序 AmSPL基因家族 生物信息学分析 表达 |
收稿时间: | 2020/1/20 0:00:00 |
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