| 蜜蜂球囊菌基因结构优化及新基因鉴定 |
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| 引用本文： | 郭睿,陈华枝,童新宇,熊翠玲,郑燕珍,付中民,解彦玲,王海朋,赵红霞,陈大福.蜜蜂球囊菌基因结构优化及新基因鉴定[J].中国农业大学学报,2019,24(1):61-68. |
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| 作者姓名： | 郭睿 陈华枝 童新宇 熊翠玲 郑燕珍 付中民 解彦玲 王海朋 赵红霞 陈大福 |
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| 作者单位： | 福建农林大学蜂学学院;广东省生物资源应用研究所 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31702190）；现代农业产业技术体系建设专项资金（CARS-44-KXJ7）；福建省教育厅中青年教师教育科研项目（JAT170158）；福建农林大学科技创新专项基金项目（CXZX2017343）；福建省大学生创新创业训练计划项目（201610389053） |
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| 摘 要： | 为补充和完善蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis基因组序列和功能注释信息,本研究利用RNA-seq技术对球囊菌菌丝和孢子进行深度测序,并基于高质量的转录组数据对已注释基因进行结构优化,对未注释基因进行预测、鉴定和分析。将测序得到的有效读段进行参考基因组比对和转录本重构;利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对。结果表明:共对101个已注释基因的5′端或3′端进行了延长;共鉴定出373个新基因,随机挑选10个新基因进行RT-PCR验证,其中8个能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的多数新基因真实存在;共计147个球囊菌新基因可注释到Nr和eggNOG数据库中,85个新基因注释到29个GO条目,66个新基因注释到33条代谢通路。本研究结果补充了球囊菌的基因结构和功能注释信息,也为新基因的功能研究打下了初步基础。
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| 关 键 词： | 蜜蜂球囊菌 转录组 已注释基因 结构优化 新基因 |
| 收稿时间： | 2018/3/10 0:00:00 |
Structural optimization of annotated genes and identification of novel genes in Ascosphaera apis |
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| GUO Rui,CHEN Huazhi,TONG Xinyu,XIONG Cuiling,ZHENG Yangzhen,FU Zhongmin,XIE Yanling,WANG Haipeng,ZHAO Hongxia and CHEN Dafu.Structural optimization of annotated genes and identification of novel genes in Ascosphaera apis[J].Journal of China Agricultural University,2019,24(1):61-68. |
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| Authors: | GUO Rui CHEN Huazhi TONG Xinyu XIONG Cuiling ZHENG Yangzhen FU Zhongmin XIE Yanling WANG Haipeng ZHAO Hongxia and CHEN Dafu |
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| Institution: | College of Bee Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China,College of Bee Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China,College of Bee Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China,College of Bee Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China,College of Bee Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China,College of Bee Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China,College of Bee Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China,College of Bee Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China,Guangdong Institute of Applied Biological Resources, Guangzhou 510260, China and College of Bee Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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