| 加州鲈弹状病毒三水株全基因组序列测定及分析 |
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| 引用本文： | 刘慧芳,张莉娟,李宁求,等.加州鲈弹状病毒三水株全基因组序列测定及分析[J].西北农林科技大学学报(社会科学版),2020,48(3):30-38. |
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| 作者姓名： | 刘慧芳 张莉娟 李宁求 等 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院 珠江水产研究所，农业部渔用药物创制重点实验室,上海海洋大学 水产与生命学院,,上海海洋大学 水产与生命学院,,上海海洋大学 水产与生命学院, |
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| 基金项目： | 广东省促进经济发展专项资金（海洋经济发展用途）项目(GDME-20181007)；广东省渔港建设和渔业产业发展专项(粤财农〔2017〕17号)；广州市珠江科技新星项目（201710010087） |
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| 摘 要： | 【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11 548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。
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| 关 键 词： | 鱼类弹状病毒 弱毒株 加州鲈 全基因组序列 G蛋白 |
| 收稿时间： | 2019/1/5 0:00:00 |
Genome sequencing and analysis of Sanshui strain of Micropterus salmoides rhabdovirus |
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| LIU Huifang,ZHANG Lijuan and LI Ningqiu,et al.Genome sequencing and analysis of Sanshui strain of Micropterus salmoides rhabdovirus[J].Journal of Northwest Sci-Tech Univ of Agr and,2020,48(3):30-38. |
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| Authors: | LIU Huifang ZHANG Lijuan and LI Ningqiu |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | fish rhabdovirus avirulent virus Micropterus salmoides genome sequence G protein |
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