基于密码子偏性对应分析数据的牛病毒性腹泻病毒分型研究

【目的】牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分型对于阐明病毒的致病机理、分析其流行规律以及其进化意义重大,本文旨在探索一种基于密码子使用偏性的BVDV分型鉴定方法.【方法】应用CodonW计算102株不同BVDV病毒株基因组序列的相对同义密码子使用度(RSCU)等相关参数,并用Excel和STATISTICA软件对其中的对应分析数据进行统计分析,对BVDV毒株在密码子使用偏性方面的差异进行聚类,将结果与基于BVDV RNA聚合酶基因和5′非翻译区序列的分子进化树进行比较.【结果】分析表明,BVDV的对应分析数据分布相对集中于不同象限中,具有型特异性;密码子偏性表现高度的型内相似性,BVDV-1、BVDV-2、BVDV-3分别聚集成一类,与分子进化树分析结果一致.【结论】结果提示,基于密码子使用偏性对应分析数据的聚类分析可以应用于BVDV的分型研究.

Bovine viral diarrhea virus typing identification based on codon bias correspondence analysis data