| 利用高通量测序技术分析IHHNV感染凡纳滨对虾的基因差异表达 |
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| 引用本文： | 曾地刚,陈秀荔,谢达祥,赵永贞,黎铭,陈晓汉.利用高通量测序技术分析IHHNV感染凡纳滨对虾的基因差异表达[J].广西农业科学,2013(11):1899-1903. |
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| 作者姓名： | 曾地刚 陈秀荔 谢达祥 赵永贞 黎铭 陈晓汉 |
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| 作者单位： | 广西水产科学研究院,南宁530021 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31160531） |
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| 摘 要： | 目的]研究传染性皮下及造血组织坏死病毒（Infectious hypodermal andhematopoietic necrosis virus,IHH-NV）感染凡纳滨对虾的基因差异表达,为进一步了解IHHNV与凡纳滨对虾的相互作用分子机制提供参考.方法]采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,测序获得的序列除去接头后用iAssembler软件进行拼接得到unigene（单一基因序列）,通过计算各unigene的转录本数目（RPKM）确定差异表达基因,并以实时荧光定量PCR验证基因的差异表达.结果]采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,共获得208690条短序列,序列拼接共得到21912条tmigenes;通过对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾的测序数据比较分析,结果发现221个差异表达基因,包括81个上调表达基因和140个下调表达基因.经实时荧光定量PCR验证,454高通量测序数据统计的基因表达差异结果可靠.结论]IHHNV感染显著影响凡纳滨对虾免疫相关基因的表达,而利用高通量测序技术可有效检测出这些差异表达基因.
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| 关 键 词： | 凡纳滨对虾 IHHNV 差异表达基因 转录本数目（RPKM） 高通量测序技术 |
Analysis on differential gene expression in shrimp Litopenaeus vannamei induced by IHHNV infection using high-throughput sequencing |
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| ZENG Di-gang,CHEN Xiu-li,XIE Da-xiang,ZHAO Yong-zhen,LIMing,CHEN Xiao-han.Analysis on differential gene expression in shrimp Litopenaeus vannamei induced by IHHNV infection using high-throughput sequencing[J].Guangxi Agricultural Sciences,2013(11):1899-1903. |
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| Authors: | ZENG Di-gang CHEN Xiu-li XIE Da-xiang ZHAO Yong-zhen LIMing CHEN Xiao-han |
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| Institution: | (Guangxi Institute of Fisheries, Nanning 530021, China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Litopenaeus vannamei IHHNV differentially expressed genes RPKM high-throughput sequencing |
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