苦荞转录组EST-SSR发掘及多态性分析

利用Misa软件对苦荞种子转录组高通量测序获得的45 699条EST序列进行了SSR位点扫描，共得到2 700个SSR位点，分布于2 624条EST序列中，SSR位点平均距离为1/1.73 kb。随着EST序列长度的增加，含SSR位点序列的比例也随之升高，800 bp以上EST序列含SSR的比例明显高于800 bp以下序列。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复是苦荞EST-SSR主导类型，分别占总SSR的52.11%、13.33%和30.63%,其中(A)n、(AG)n和(AAG)n是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基序，分别占总SSR的51.85%、7.11%和8.93%。设计合成了150对 EST-SSR 引物，其中91对引物（60.67%）在40份苦荞种质中获得有效扩增，30对引物（32.97%）具有多态性。平均每对引物能检测到3.53个等位变异;多态信息含量（PIC）在 0.10~0.71之间，平均达0.40。以上结果说明，从苦荞转录组EST序列中大规模开发SSR标记是一条简便而可行的途径。