高通量技术分析‘砂蜜豆’甜樱桃不同组织内生细菌多样性

为探明甜樱桃内生细菌种群结构及多样性，以‘砂蜜豆’甜樱桃根、主干树皮和枝条3个组织的内生细菌为研究对象，对其16S rRNA V3～V4区进行高通量测序。结果表明，‘砂蜜豆’甜樱桃不同组织内生细菌群落多样性及功能存在较大差异。不同组织中共获得有效序列9 665 813条，聚类为1 386个OTU(operational taxonomic units)，隶属于20个门、43个纲、79个目、162个科和346个属。在门水平，变形菌门（Proteobacteria）在各组织中的丰度均最高，是最优势菌门。在属水平，根部内生细菌的优势菌属为链霉菌属（Streptomyces）、类固醇杆菌属（Steroidobacter）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）；枝条内生细菌中鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas）的相对丰度较高；主干树皮内生细菌的优势菌属为拟杆菌属（Bacteroides）。PICRUSt (phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states)基因预测表明，内生细菌...