| 番茄YABBY基因家族的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 陈秀玲,刘思源,孙婷,刘智琛,陶金宝,赵迎新,王傲雪.番茄YABBY基因家族的生物信息学分析[J].东北农业大学学报,2017,48(10). |
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| 作者姓名： | 陈秀玲 刘思源 孙婷 刘智琛 陶金宝 赵迎新 王傲雪 |
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| 作者单位： | 东北农业大学园艺园林学院,哈尔滨,150030 |
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| 基金项目： | 黑龙江省自然科学基金，黑龙江省博士后基金，农业部东北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室大学生科技创新项目 |
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| 摘 要： | YABBY基因家族是植物特有转录因子,与植物形态有关,在植物叶和花器官发育过程中起重要调控作用。试验在番茄基因组范围内鉴定出9个YABBY基因家族成员,分别位于第1、5、6、7、8、11和12号染色体。利用MEGA程序对番茄、拟南芥、大白菜和玉米YABBY基因家族作进化分析,进化树可分为四个亚组;利用GSDS程序分析基因结构保守性,显示Sl YABBY基因内含子保守5~6个;MEME程序作基序分析,显示Sl YABBY基序保守,经鉴定所有Sl YABBYs均具有C2C2锌指结构域及YABBY结构域。运用plant CARE软件分析顺势作用元件发现,在番茄YABBY基因上游1 000 bp序列中存在多个应答不同生物和非生物胁迫的顺式作用元件,且种类和数目不同,表明其作用于番茄生长发育和逆境胁迫过程。基因功能预测和蛋白-蛋白网络分析表明,番茄YABBY家族对根、茎、叶、花、蜜腺、心皮、胚珠等部位发育具有重要调控作用。番茄YABBY基因家族表达分析发现Sl YABBY1、Sl YABBY3和Sl YABBY4在根、茎、花、叶及果实中均无表达,Sl YABBY2和Sl YABBY9表达具有较强组织特异性,为番茄YABBY基因功能研究提供参考。
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| 关 键 词： | YABBY基因家族 番茄 生物信息学 进化分析 基因功能 |
Bioinformatics analysis on YABBY gene family in tomato |
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| CHEN Xiuling,LIU Siyuan,SUN Ting,LIU Zhichen,TAO Jinbao,ZHAO Yingxin,WANG Aoxue.Bioinformatics analysis on YABBY gene family in tomato[J].Journal of Northeast Agricultural University,2017,48(10). |
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| Authors: | CHEN Xiuling LIU Siyuan SUN Ting LIU Zhichen TAO Jinbao ZHAO Yingxin WANG Aoxue |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | YABBY gene family tomato bioinformatics phylogenetic analysis gene function |
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