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大豆质膜内在水孔蛋白的生物学功能预测
引用本文:王晓波,解天然,潘陈陈,华宿南.大豆质膜内在水孔蛋白的生物学功能预测[J].安徽农业科学,2010,38(34):F0002-F0002,F0003.
作者姓名:王晓波  解天然  潘陈陈  华宿南
作者单位:安徽农业大学农学院;
基金项目:安徽农业大学引进和稳定人才项目资助
摘    要:目的]利用生物信息学方法对大豆质膜内在水孔蛋白(GrnPIP)的亚细胞定位、跨膜区、信号肽和磷酸化住点进行预测,为基因的功能研究提供参考。方法]从干旱胁迫后磊抗旱大豆品种21的叶片中克隆出GmPIP基因.利用PSLpced、Protcomp Version8.0、WoLF PSORT、CELLO v2.5等亚细胞预测工具进行亚细胞定位预测;利用TMHMM Serverv.2.0进行蛋白跨膜区分析;利用NetPhos 2.0 Server进行磷酸化位点分析;利用SignaIP3.0 Server程序进行信号肽分析。结果]综合4种工具的预测结果表明,GmPIP蛋白包含6个跨膜区,亚细胞定位预测表明该蛋白位于细胞质膜上,发现该蛋白的第254个氧基酸是一个潜在的糖基化位点和13个磷酸化位点,该蛋白没有明显的信号肽结构。结论]利用不同方法进行的生物信息学分析结果可相互验证,生物信息学可以对未知蛋白进行初步的功能预测.有助于确定后续试验的方向.

关 键 词:大豆  生物信息学  大豆质膜内在水孔蛋白

Prediction of Biological Function of Plasma Membrane Aquaporins in Soybean
WANG Xiao-bo et al.Prediction of Biological Function of Plasma Membrane Aquaporins in Soybean[J].Journal of Anhui Agricultural Sciences,2010,38(34):F0002-F0002,F0003.
Authors:WANG Xiao-bo
Institution:WANG Xiao-bo et al(College of Agronomy,Anhui Agricultural University,Hefei,Anhui 230036)
Abstract:Objective] This study aims to predict the sub-cellular localization,Transmembrane,signal peptide and phosphopeptides of plasma membrane aquaporins in soybean GmPIP.Method]GmPIP gene was cloned from soybean cultivar jindou 21.Software for the prediction was used such as PSLpred,Protcomp Version8.0,WoLF PSORT,CELLO v2.5 for sub-cellular localization.Procedure TMHMM Server v.2.0,NetPhos2.0 Server and SignalP 3.0 Server were used to predict transmembrane,signal peptide and phosphopeptides respectively.Result...
Keywords:Glycine max (L  ) Merr    Bioinformatics  GmPIPs  
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