杨树全基因组微卫星序列的统计及其生物信息学分析

本文利用生物信息学方法搜索毛果杨全基因组中完整型SSRs序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,毛果杨全基因组共统计了143 810个SSRs序列,占其全基因组长度的比率为0.63%,其全基因组SSRs序列出现频率为331.26个/Mb。毛果杨基因组中SSRs数量最多的是第1条染色体,其次是第2、5、6条染色体,数量较少的是第9条染色体。毛果杨各条染色体上SSRs序列出现频率在310~360个/Mb,无明显差异。通过检验表明,毛果杨染色体长度与其所含SSRs频率和密度无相关性(Kendall's tau-b,P0.05;Spearman's rho,P0.05),而其染色体长度与其所含SSRs数量具有高度正相关性(r0.85,P0.01)。毛果杨全基因组中单核苷酸SSRs序列数量最多(42.79%),其次依次是二核苷酸三核苷酸四核苷酸五核苷酸六核苷酸重复类型。毛果杨全基因组SSRs各重复类型拷贝数分布范围为4~111次,主要集中在4~30次。