广西部分地区猪群PEDV N基因克隆及序列分析

【目的】了解广西区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的感染及病毒的遗传变异特点,为更好防控猪流行性腹泻提供科学依据。【方法】应用RT-PCR方法从2012-2016年广西地区25个猪场收集的PEDV病料中扩增出86株PEDV的N基因,并进行序列比对及遗传进化分析。【结果】86株PEDV的N基因核苷酸同源性为94.2%~100.0%,与参考毒株核苷酸同源性为94.1%~100.0%。N基因遗传进化分析显示广西的PEDV可分为2个群,Cluster2由韩国株DR13、日本株83P-5、中国株CH/S以及本研究的GP35-8、LC37-22、LC107-5、LC107-19和LC107-16毒株组成,其他81株毒株属于Cluster 3,包括中国株DX、LJB-03、Hu N、JS-2004-2;Cluster 1和Cluster 4则由其它参考毒株组成。【结论】PEDV是引起广西规模化猪场新生仔猪腹泻的主要病原,广西地区的PEDV流行毒株可分为2个群且其N基因仍然保守。