| 基于高通量测序技术的冠心病患者肠道菌群多样性研究 |
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| 引用本文： | 胡海兵,崔立,郭靓骅,王春艳,华修国,余强,尹桂芝.基于高通量测序技术的冠心病患者肠道菌群多样性研究[J].上海交通大学学报(农业科学版),2016(2):1-11, 19. |
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| 作者姓名： | 胡海兵 崔立 郭靓骅 王春艳 华修国 余强 尹桂芝 |
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| 作者单位： | 上海交通大学 农业与生物学院,上海200240,上海交通大学 农业与生物学院,上海200240,上海交通大学 农业与生物学院,上海200240,上海交通大学 农业与生物学院,上海200240,上海交通大学 农业与生物学院,上海200240,复旦大学 附属上海市闵行区中心医院 心内科,上海 201199,复旦大学 附属上海市闵行区中心医院 心内科,上海 201199 |
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| 基金项目： | 上海交通大学“AGri-X”基金项目(AF1500028/001) |
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| 摘 要： | 为了分析冠心病人群肠道菌群结构和多样性特征,探究冠心病人群与健康人群肠道菌群结构差异。研究共采集50例冠心病患者和35例健康人粪便样本,提取粪便样本总DNA;根据细菌16SrDNA V3~V5区设计引物进行扩增,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序;测序结果经过Reads拼接,OTUs(operational taxonomic units)聚类,物种注释,α多样分析,主成分分析,最终得到样品物种信息。在冠心病组和健康组中,拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的丰度最高,其中拟杆菌门分别占到46.94%和61.96%,厚壁菌门分别占到41.51%和30.58%;丰度较高的是变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)。此外,两组菌群结构差异性表现为:冠心病组的拟杆菌门明显低于对照组(P=0.0150.05);而冠心病组的厚壁菌门显著高于对照组(P=0.0090.01)。α多样性分析结果显示,两组人群各样本在细菌种群多样性方面没有明显差异。OTUs比对结果表示,Veillonella、Veillonella dispar、Scardovia、Mogibacterium致病菌在冠心病组显著增高,而Bacteroidetes门下Parabacteroides、Bacteroides uniformis、Bacteroides caccae等有益菌则显著降低。主成份分析显示,综合PC1、PC2、PC3因素冠心病组和对照组样本被较好的区分开,表明健康组和冠心病组菌群结构存在显著差异。这些结果表明,冠心病患者与健康人群在肠道菌群多样性方面没有明显差异,但在菌群结构上存在较大差异;同时冠心病人肠道菌群致病菌数量多于健康人群,而拟杆菌类有益菌低于健康人群。
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| 关 键 词： | 肠道菌群 冠心病 宏基因组 高通量测序 |
| 收稿时间： | 2015/5/18 0:00:00 |
Diversity of Gut Flora in Coronary Heart Disease Patients by High-Throughput Sequencing |
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| HU Hai-bing,CUI Li,GUO Liang-hu,WANG Chun-yan,HUA Xiu-guo,YU Qiang and YING Gui-zhi.Diversity of Gut Flora in Coronary Heart Disease Patients by High-Throughput Sequencing[J].Journal of Shanghai Jiaotong University (Agricultural Science),2016(2):1-11, 19. |
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| Authors: | HU Hai-bing CUI Li GUO Liang-hu WANG Chun-yan HUA Xiu-guo YU Qiang and YING Gui-zhi |
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| Institution: | School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240,China,School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240,China,School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240,China,School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240,China,School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240,China,Department of Cardiology,Shanghai Minhang District Central Hospital,Shanghai 201199,China and Department of Cardiology,Shanghai Minhang District Central Hospital,Shanghai 201199,China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | gut flora coronary heart disease metagenome high-throughput sequencing |
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