合作猪IFN-ε基因克隆及生物信息学分析 |
| |
引用本文: | 杨姣姣,谢开会,王 伟,闫尊强,杨巧丽,马艳萍,滚双宝.合作猪IFN-ε基因克隆及生物信息学分析[J].西北农业学报,2020,30(1):11-20. |
| |
作者姓名: | 杨姣姣 谢开会 王 伟 闫尊强 杨巧丽 马艳萍 滚双宝 |
| |
作者单位: | (1.甘肃农业大学 动物科学技术学院,兰州 730070; 2.甘肃农业大学 图书馆,兰州 730070;3.甘肃省现代养猪工程技术研究中心,兰州 730070) |
| |
基金项目: | 国家自然科学基金(31660646);甘肃农业大学人才专项经费(2017RCZX-15)。 |
| |
摘 要: | 旨在克隆合作猪干扰素ε(Interferon epsilon,IFN-ε)基因,并对其结构和编码蛋白进行生物信息学分析,为进一步研究合作猪IFN-ε生物学功能提供参考。根据GenBank上公布的猪IFN-ε基因序列(登录号:NM_001105310.1)设计引物,PCR扩增及测序获得合作猪IFN-ε基因完整编码区序列(Coding sequence,CDS),并对其进行生物信息学分析。结果显示,合作猪IFN-ε基因编码区长582bp,编码193个氨基酸。该基因编码区序列与杜洛克猪、人、小鼠、黑猩猩、狗、瘤牛、蒙古野马、山羊和绵羊的同源性分别为98.4%、77.7%、56.8%、78.2%、76.5%、87.0%、85.5%、85.0%和86.0%;系统进化树结果表明,合作猪与瘤牛、蒙古野马、绵羊、山羊亲缘关系较近。此外,在合作猪IFN-ε基因CDS上共发现3个碱基突变,均为错义突变。氨基酸序列分析表明,合作猪IFN-ε蛋白分子式为C_(1027)H_(1630)N_(278)O_(290)S_(10),理论分子质量为22.83ku,等电点(pI)为8.43,属于碱性蛋白;平均亲水系数为-0.240,属于亲水蛋白质;IFN-ε蛋白无跨膜结构,存在信号肽序列,属于分泌型蛋白;IFN-ε蛋白只包含1个超家族保守结构域,即IFab结构域。二级结构分析表明,该蛋白中α-螺旋、无规则卷曲、β-转角和延伸链所占比例分别为61.66%、30.05%、3.11%和5.18%。
|
关 键 词: | 合作猪 IFN-ε基因 CDS 克隆 生物信息学分析 |
本文献已被 CNKI 等数据库收录! |
| 点击此处可从《西北农业学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《西北农业学报》下载免费的PDF全文 |
|