| 胡萝卜4CL基因家族的鉴定及分析 |
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| 引用本文： | 张新业,李文静,闫训友,郑 京,朱 姝,王聪艳,周志国.胡萝卜4CL基因家族的鉴定及分析[J].西北农业学报,2023(9):1365-1375. |
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| 作者姓名： | 张新业 李文静 闫训友 郑 京 朱 姝 王聪艳 周志国 |
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| 作者单位： | （1.廊坊师范学院 生命科学学院，河北廊坊 065000；2.河北省动物多样性重点实验室，河北廊坊 065000；3.廊坊市细胞工程与应用研究重点实验室，河北廊坊 065000） |
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| 基金项目： | 河北省自然科学基金（C2020408006）；国家重点研发计划（2019YFD1000305-09）；河北省高等学校科学技术研究项目（BJ2018044）。 |
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| 摘 要： | 旨在全基因组水平上鉴定胡萝卜 4CL基因，揭示该基因家族成员的理化性质、系统进化、基因结构、组织表达模式及胁迫响应情况，为胡萝卜 4CL的功能研究和利用奠定基础。基于AMP结合结构域(PF00501)的隐马尔可夫模型文件，利用HMMER软件对胡萝卜蛋白质数据库进行检索，获得胡萝卜 4CL基因(命名为 Dc4CL);利用ProtParam分析 Dc4CL的理化性质；利用MEGA6对Dc4CL进行系统进化分析；使用GSDS2.0、MEME分析 Dc4CL的基因及蛋白结构；利用荧光定量PCR技术对 Dc4CL的组织表达模式及胁迫响应情况进行研究。结果表明，胡萝卜基因组中存在12个 4CL基因，分别为 Dc4CL1～ Dc4CL12。 Dc4CL基因开放阅读框(ORF)长度为1 350～3 363 bp,编码蛋白质长度为449～1 120 aa,编码蛋白的分子质量和等电点分别为48.92～123.73 ku和5.34～8.82。系统进化分析表明，Dc4CL与其他来自水稻、拟南芥、二穗短柄草、高粱、大白菜的4CL蛋白可分为两个类群。结构分析表明， Dc4CL基因外显子数目为4～11个，其蛋白序列...
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| 关 键 词： | 胡萝卜(Daucus carota) 4-香豆酰CoA连接酶(4CL) 基因家族 生物信息学分析 基因表达分析 |
Genome-wide Identification and Analysis of Dc4CL Gene Family in Carrot (Daucus carota) |
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| ZHANG Xinye,LI Wenjing,YAN Xunyou,ZHENG Jing,ZHU Shu,WANG Congyan and ZHOU Zhiguo.Genome-wide Identification and Analysis of Dc4CL Gene Family in Carrot (Daucus carota)[J].Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica,2023(9):1365-1375. |
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| Authors: | ZHANG Xinye LI Wenjing YAN Xunyou ZHENG Jing ZHU Shu WANG Congyan and ZHOU Zhiguo |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Carrot (Daucus carota) 4-coumaroyl-CoA ligase (4CL) Gene family Bioinformatic analysis Gene expression analysis |
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