| 7种作物叶绿体基因的密码子偏好性及聚类分析 |
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| 引用本文： | 晁岳恩,常阳,王美芳,何盛莲,赵献林,雷振生.7种作物叶绿体基因的密码子偏好性及聚类分析[J].华北农学报,2012(4):60-64. |
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| 作者姓名： | 晁岳恩 常阳 王美芳 何盛莲 赵献林 雷振生 |
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| 作者单位： | 河南省农业科学院小麦研究中心,河南省小麦生物学重点实验室 |
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| 基金项目： | 农业部转基因生物新品种培育科技重大专项(2009ZX08002-002B;2009ZX08002-014B) |
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| 摘 要： | 研究作物叶绿体蛋白编码基因的编码特点,对指导农作物的叶绿体基因工程研究设计,促进外源基因在受体作物中的高效、稳定表达具有重要作用。为此,综合运用了多种分析软件,对7种大田作物的叶绿体蛋白编码基因进行分析。结果表明:叶绿体蛋白编码基因的总碱基构成在7种作物中差异不大,都是A含量最高,而G,C的含量较低;但在密码子第3位的碱基构成上却有明显差别,3种双子叶作物偏爱以C,T结尾的密码子,而禾本科的4种作物则偏爱以T,C结尾的密码子;RSCU(同义密码子的相对使用度)值显示出禾本科作物有26个密码子具有偏好性,而双子叶作物有25个密码子具有偏好性,但二者之间有22个相同的偏好性密码子。基于RSCU值的聚类结果显示,植物的密码子偏好性具有种族特征,表明基于叶绿体蛋白编码基因的密码子使用特性的聚类结果可以作为系统发育分析的重要补充。
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| 关 键 词： | 作物 叶绿体基因 密码子偏好性 聚类分析 |
Codon Usage Bias and Cluster Analysis on Chloroplastic Genes from Seven Crop Species |
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| CHAO Yue-en,CHANG Yang,WANG Mei-fang,HE Sheng-lian,ZHAO Xian-lin,LEI Zhen-sheng.Codon Usage Bias and Cluster Analysis on Chloroplastic Genes from Seven Crop Species[J].Acta Agriculturae Boreali-Sinica,2012(4):60-64. |
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| Authors: | CHAO Yue-en CHANG Yang WANG Mei-fang HE Sheng-lian ZHAO Xian-lin LEI Zhen-sheng |
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| Institution: | (Henan Key Laboratory of Wheat Biology,Wheat Research Center,Henan Academy of Agricultural Sciences,Zhengzhou 450002,China) |
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