| 基于转录组测序的槜李EST-SSR标记开发 |
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| 引用本文： | 李军,李白,李斌,陆其华.基于转录组测序的槜李EST-SSR标记开发[J].分子植物育种,2020(1):200-207. |
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| 作者姓名： | 李军 李白 李斌 陆其华 |
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| 作者单位： | 嘉兴职业技术学院;浙江省嘉兴市农业科学研究院（所）;嘉兴市种植技术推广总站;嘉兴市李子园艺科学研究所 |
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| 基金项目： | 嘉兴市科技计划项目(2017AY13030);浙江省大学生新苗人才项目(2018R467001);浙江省教育厅“十三五”第一批教学改革项目(jg20180810)和浙江省教育厅一般科研项目(Y201839210)共同资助 |
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| 摘 要： | 为开发槜李EST-SSR标记,本研究利用MISA软件筛选了槜李花转录组测序获得的35584条Unigenes,对其SSR信息进行分析后,利用Primer Premier 3.0软件设计EST-SSR引物,并随机选取40对SSR引物对12个李品种进行EST-SSR引物筛选及多态性分析。结果发现,在槜李花转录组中共搜索到个10791个SSR位点,分布于8433条Unigenes,SSR发生频率为23.70%,平均每3.71 kb含有1个SSR;SSR重复基元中二核苷酸重复出现频率最高,占总SSR数量的52.98%,其次为三核苷酸重复(占24.00%)和单核苷酸重复(占20.95%);二核苷酸重复基元以AG/CT为主(85.95%),三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主(31.24%)。利用Primer Premier 3.0软件共设计出9870对候选引物,随机选择40对引物对12个李品种进行SSR引物筛选及多态性分析。40对引物均能扩增出预期大小的条带,有效扩增效率为100%,40对引物中有5对引物在12个李品种中表现出多态性。本研究开发的EST-SSR标记可为李属植物遗传多样性分析提供丰富的候选标记,同时可为槜李发育相关功能基因定位、遗传图谱构建、及分子标记辅助育种等研究提供帮助。
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| 关 键 词： | 槜李(Prunus salicina) 转录组 EST-SSR |
Development of EST-SSR Markers of Zuili Plum (Prunus salicina) Based on RNA-sequencing |
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| Li Jun,Li Bai,Li Bin,Lu Qihua.Development of EST-SSR Markers of Zuili Plum (Prunus salicina) Based on RNA-sequencing[J].Molecular Plant Breeding,2020(1):200-207. |
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| Authors: | Li Jun Li Bai Li Bin Lu Qihua |
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| Institution: | (Jiaxing Vocational and Technical College,Jiaxing,314036;Jiaxing Academy of Agricultural Sciences,Jiaxing,314016;Jiaxing City General Station of Cropping Technical Extension,Jiaxing,314050;Horticultural Crop&Plum Research Institute,Jiaxing,314011) |
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