基于RNA-Seq的彩色马铃薯MYB转录因子家族分析 |
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引用本文: | 武小娟,范菠菠,赵娜勤,陈燕福,宋昌海,于卓,马艳红.基于RNA-Seq的彩色马铃薯MYB转录因子家族分析[J].分子植物育种,2021,19(21):6990-6999. |
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作者姓名: | 武小娟 范菠菠 赵娜勤 陈燕福 宋昌海 于卓 马艳红 |
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作者单位: | 内蒙古农业大学农学院,呼和浩特,010019;呼伦贝尔市农业技术推广服务中心,呼伦贝尔,021306 |
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摘 要: | 植物MYB转录因子是功能多样、数量众多的转录因子之一,对植物的生长发育和代谢调控起着极其重要的作用.本研究基于彩色马铃薯块茎转录组测序数据,对彩色马铃薯发育过程中MYB转录因子基因进行筛选,并对其保守结构域、亚细胞定位进行分析;同时利用TMEV软件对其中R2R3-MYB转录因子的差异表达进行分析,并对差异显著的R2R3-MYB转录因子进行功能预测.结果 表明,基于转录组测序数据,筛选得到143个彩色马铃薯MYB类转录因子基因,根据结构特征分为4大类:1R-MYB、R2R3-MYB、3R-MYB和4R-MYB;亚细胞定位结果显示,138个MYB转录因子定位于细胞核,4个定位于细胞膜,1个定位细胞质;保守域分析显示,R2R3-MYB类转录因子的保守基序为R2、R3;彩色马铃薯R2R3-MYB转录因子基因在不同时期差异表达,其中上调表达10个、下调表达5个;根据GO富集性分析,共注释到6个和花青素相关的R2R3-MYB转录因子,本研究为下一步彩色马铃薯花青素合成相关MYB基因生物学功能和代谢调控机制的研究提供参考.
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关 键 词: | 彩色马铃薯 转录组测序 MYB家族 表达模式 |
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