| 基于白掌株型突变转录组差异的SSR位点分析 |
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| 引用本文： | 周辉明,林辉锋,曹奕鸯,甘玮欣,林发壮,陈昌铭,张政斌.基于白掌株型突变转录组差异的SSR位点分析[J].分子植物育种,2023(16):5365-5377. |
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| 作者姓名： | 周辉明 林辉锋 曹奕鸯 甘玮欣 林发壮 陈昌铭 张政斌 |
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| 作者单位： | 1. 三明市农业科学研究院花卉研究所;2. 三明市农业科学研究院,福建省(山区)作物遗传改良与创新利用重点实验室 |
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| 基金项目： | 三明市科技计划项目(No.2018-N-3)共同资助； |
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| 摘 要： | 为了解白掌株型突变的转录组序列功能和SSR位点分布特征，并探索与株型关联的SSR位点信息。以对照‘美酒’及其小株型突变体为材料，选取叶片、叶柄、佛焰苞片、苞梗组织进行高通量PE150的转录组测序和序列筛选；开展unigene的GO、KOG、KEGG功能注释及分类；开展SSR位点筛选及批量设计引物；发掘差异表达含SSR位点unigene的GO、KEGG富集功能信息。结果显示，白掌转录组共筛选127 153个unigene，其中有41 370个获注释，包含GO注释25 925个、KO注释12 727个、KOG注释21 487个；从18 636个unigene中发掘出28 046个SSR位点，出现频率22.06%，包含有193种重复基序，其中以二核苷酸AG/CT(14 305, 51.01%)、AC/GT (3 907, 13.93%)、AT/AT (2 322, 8.28%)和三核苷酸AAG/CTT (2 087, 7.44%)居多，基序重复次数以5～10次重复占优势；从18 636个unigene中筛选17 070个批量设计出51 210对SSR引物，有效扩增和多态性好。差异转录组结合S...
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| 关 键 词： | 白掌 转录组差异 基因注释 SSR |
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