| 甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛WRKY基因家族的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 杜泰峰,侯夫云,秦桢,王庆美,张立明.甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛WRKY基因家族的生物信息学分析[J].分子植物育种,2021,19(3):730-745. |
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| 作者姓名： | 杜泰峰 侯夫云 秦桢 王庆美 张立明 |
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| 作者单位： | 山东师范大学生命科学学院,济南,250100;山东省农业科学院作物研究所,农业部黄淮海薯类科学观测实验站,济南,250100;山东省农业科学院作物研究所,农业部黄淮海薯类科学观测实验站,济南,250100 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划项目(2018YFD1000706-15);山东省农业良种工程项目(2017LZGCO11);国家甘薯产业技术体系(CARS-10-B7)共同资助。 |
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| 摘 要： | WRKY基因家族是一类含有WRKY保守结构域的转录因子大家族,是植物中最大的转录调控因子家族之一。目前已有多种植物WRKY家族的分析鉴定报告,但关于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)中WRKY家族的报告却很少。本研究利用生物信息学方法对甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛Ipomoea trifida(Kunth)G.Don的基因组数据进行了详细的分析,结果显示:在三浅裂野牵牛基因组中共鉴定得到82个WRKY转录因子,其中81个不均匀分布在基因组的15条染色体上,第5号染色体上分布最多(10个基因),第8和15号染色体上分布最少(2个基因);蛋白分子大小在116~710个氨基酸之间,等电点为4.85~10.33不等;按照保守结构域分类可以分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三组,Ⅱ组包含Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe五个亚组,其中Ⅰ组有15个ItWRKY基因、Ⅱa组4个、Ⅱb组11个、Ⅱc组23个、Ⅱd组7个Ⅱe组10个、Ⅲ组12个;82个ItWRKY基因中有8个基因的核心结构域WRKYGQK发生了单个氨基酸变化(WRKYGKK)。ItWRKY基因以组织特异性的方式表达且在不同胁迫下基因的表达量存在差异,表明ItWRKY基因参与了三浅裂野牵牛对胁迫的响应。本研究为甘薯WRKY基因的功能鉴定提供了参考作用,进一步为甘薯的分子育种提供了帮助。
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| 关 键 词： | 甘薯近缘野生种 转录因子 WRKY 生物信息学分析 |
Bioinformatics Analysis of WRKY Gene Family in Sweet Potato Wild Relative,Ipomoea trifida |
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| Du Taifeng,Hou Fuyun,Qin Zhen,Wang Qingmei,Zhang Liming.Bioinformatics Analysis of WRKY Gene Family in Sweet Potato Wild Relative,Ipomoea trifida[J].Molecular Plant Breeding,2021,19(3):730-745. |
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| Authors: | Du Taifeng Hou Fuyun Qin Zhen Wang Qingmei Zhang Liming |
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| Institution: | (College of Life Sciences,Shandong Normal University,Jinan,250100;Observing and Experimental Station of Tuber and Root Crops in Huang-Huai-Hai Region,Ministry of Agriculture,Scientific Crop Research Institute,Shandong Academy of Agricultural Sciences,Jinan,250100) |
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