| 藜麦DAPB基因丰度及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 杨利艳,杨雅舒,杨小兰,朱满喜,王创云,邓妍,赵丽,郭虹霞,张丽光.藜麦DAPB基因丰度及生物信息学分析[J].分子植物育种,2021(1). |
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| 作者姓名： | 杨利艳 杨雅舒 杨小兰 朱满喜 王创云 邓妍 赵丽 郭虹霞 张丽光 |
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| 作者单位： | 山西师范大学生命科学学院;山西省农业科学院作物科学研究所 |
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| 基金项目： | 山西省应用基础研究计划项目(201901D111285);中国农业科学院科技创新工程协同任务(CAAS-XTCX20-190025-3);山西农谷建设科研专项项目(SXNGJSKYZX201704);山西省农业科学院博士后专项(YCX2018D2BH2)共同资助。 |
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| 摘 要： | 二氢砒啶二羧酸还原酶(DAPB)是赖氨酸合成途径中的一个重要酶,在蛋白质和细胞壁的合成中起着重要作用。本研究基于KEGG总数据库分析表明,藜麦中DAPB的基因拷贝数远高于水稻、玉米及大豆等作物。对藜麦基因组数据筛选得到4个DAPB基因成员,均属于碱性蛋白质,氨基酸序列长度约330 bp,分子量为36.623~36.880 k D,等电点(p I)为5.79~6.01,最大疏水系数为0.028~0.123,为疏水性蛋白,亚细胞定位于细胞质中,不存在跨膜区。4个DAPB基因之间的Ka/Ks值均小于0.5,表明该基因在进化过程中比较保守。系统进化分析发现,藜麦DAPB家族成员位于同一个亚家族,且与菠菜的亲缘关系较近。启动子顺式作用元件分析结果显示,DAPB家族除含有TATA-box和CAAT-box以外,还含有多个参与激素响应、光照、低温及其它应激反应相关的顺式作用元件和转录因子结合位点,暗示藜麦DAPB家族成员可能参与以上多种响应。本研究分析了藜麦DAPB基因的拷贝数并对DAPB进行了生物信息学分析,可为进一步了解DAPB基因家族的生物学功能提供参考。
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| 关 键 词： | DAPB 藜麦(Chenopodium quinoa) 基因丰度 生物信息学 |
Gene Abundance and Bioinformatics Analysis of the DAPB Gene in Quinoa |
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| Yang Liyan,Yang Yashu,Yang Xiaolan,Zhu Manxi,Wang Chuangyun,Deng Yan,Zhao Li,Guo Hongxia,Zhang Liguang.Gene Abundance and Bioinformatics Analysis of the DAPB Gene in Quinoa[J].Molecular Plant Breeding,2021(1). |
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| Authors: | Yang Liyan Yang Yashu Yang Xiaolan Zhu Manxi Wang Chuangyun Deng Yan Zhao Li Guo Hongxia Zhang Liguang |
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| Institution: | (School of Life Science,Shanxi Normal University,Linfen,041000;Institute of Crop Sciences,Shanxi Academy of Agricultural Sciences,Taiyuan,030031) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | DAPB Chenopodium quinoa Gene abundance Bioinformatics |
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