番茄SlGTL5调控叶片发育的转录组分析

Trihelix转录因子GT-2亚家族基因在植物生长发育、逆境胁迫等方面发挥了重要作用,而番茄中鲜有报道。本研究以番茄品种AC++为试验材料,以GT-2亚家族基因SlGTL5为研究对象,通过RNAi干扰技术,获得了转基因植株,并发现其叶片变小,为了解析其分子机理,本研究进行了转录组测序。质控后的所有Reads碱基百分比Q30≥95.14%,表明测序质量较高。与已知基因组比对后发现,转基因叶片Reads比对照定位于外显子的比例减小,定位于内含子和基因间区的比例增大;SNP/InDel和可变剪接主要发生在基因间区和5'3'UTR区等。进一步筛选差异表达基因(DEGs),发现上调基因1 299个,下调1 516个,合计2 815个。GO数据库注释结果证实,Reads主要富集于:细胞、代谢、有机物等生物学过程,细胞组分、膜、细胞器等细胞组分,结合、催化等分子功能;COG数据库注释结果证实,Reads主要富集于:碳水化合物、转录后修饰、蛋白转化、一般功能等过程;KEGG数据库注释结果证实,Reads主要富集于:光合作用的天线蛋白等。利用NCBI搜索分析10个极限差异表达基因后发现,它们的功能与细胞分裂、激素调控、氧化还原反应、逆境胁迫等有关。本研究初步探索了番茄GT-2亚家族SlGTL5基因调控叶片变小的分子机理,为优质番茄品种的选育工作提供参考。