| 利用RNA-seq筛选调控当归抽薹主要候选基因 |
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| 引用本文： | 郭李智,宗渊,席杏媛,李建民,刘宝龙.利用RNA-seq筛选调控当归抽薹主要候选基因[J].分子植物育种,2021,19(2):448-458. |
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| 作者姓名： | 郭李智 宗渊 席杏媛 李建民 刘宝龙 |
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| 作者单位： | 青海师范大学生命科学学院,西宁, 810008;中国科学院西北高原生物研究所,青海省作物分子育种重点实验室,西宁, 810001 |
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| 基金项目： | 青海省植物基因与基因组学研究创新服务平台项目(2018-ZT-T08)资助。 |
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| 摘 要： | 当归提前抽薹严重影响产量,而当归抽薹分子遗传机理尚不清楚。本研究利用RNA-seq技术对连续五代抽薹当归的叶片、茎段、种子、根进行测序,对所有组装后的Unigenes进行功能注释,寻找调控当归抽薹主要候选基因。结果表明:在当归的叶片、根、种子、茎段转录本中分别得到7.1、7.63、7.23、6.59 Gb数据,通过Nr、Nt、Swissprot、KEGG、KOG、Interpro、GO、Intersection、Overall等蛋白数据库进行蛋白质预测,分别预测了71 024、59 931、49 694、51 832、55 320、46 908、35 598、17 133、79 161个蛋白。所有转录本中80.13%预测蛋白与胡萝卜同源。在KEGG通路中共有2 666个差异表达的基因参与植物信号传导;与拟南芥、胡萝卜、芥菜中参与调控开花相关基因比对,共筛选出56条候选基因,将56条候选基因在NCBI中进行核酸比对,得到与直接控制抽薹AP1转录因子同源的Unigene45683_All、激活AP1转录因子的整合子FT和FD同源的Unigene11264_All、参与拟南芥光周期调控基因CO (CONSTANS)的同源基因Unigene4344_All、在芥菜中促进抽薹整合因子SOC1的表达的AGL24或直接作用于抽薹决定基因LFY的同源基因Unigene46836_All、Unigene7820_All、CL10006.Contig2_All。因此,上述候选基因很有可能参与调控当归抽薹相关分子机制。本研究筛选到与当归抽薹相关的候选基因,有助于了解当归抽薹相关分子机制,为挖掘控制当归抽薹相关基因提供理论依据。
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| 关 键 词： | 当归(Angelica sinensis) 抽薹 RNA-seq 同源基因 |
RNA-seq Screening to Control the Main Candidate Genes for Bolting of Angelica sinensis |
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| Guo Lizhi,Zong Yuan,Xi Xingyuan,Li Jianmin,Liu Baolong.RNA-seq Screening to Control the Main Candidate Genes for Bolting of Angelica sinensis[J].Molecular Plant Breeding,2021,19(2):448-458. |
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| Authors: | Guo Lizhi Zong Yuan Xi Xingyuan Li Jianmin Liu Baolong |
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| Institution: | (College of Life Science,Qinghai Normal University,Xining,810008;Key Laboratory of Crop Molecular Breeding,Northwest Institute of Plateau Biology,Chinese Academy of Sciences,Xining,810001) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Angelica(Angelica sinensis) Bolting RNA-seq Homologous genes |
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