朱顶红转录组De novo数据及功能注释分析 |
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引用本文: | 黄宝华,蔡家珍,张梓浩,林玉玲,赖钟雄.朱顶红转录组De novo数据及功能注释分析[J].分子植物育种,2021(2). |
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作者姓名: | 黄宝华 蔡家珍 张梓浩 林玉玲 赖钟雄 |
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作者单位: | 漳州职业技术学院食品工程学院;福建农林大学 |
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基金项目: | 福建省花卉苗木品种引进与研发创新项目(闽财(农)指(2015)278号)资助。 |
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摘 要: | 本研究利用Illumina高通量测序技术对PP333处理的朱顶红进行了RNA-seq测序,共获得26.91 Gb的数据,对其进行过滤去冗余后得到Unigene 106 684个,总长度为92 002 803 bp,平均长度为862 bp,N50为1 494 bp,GC含量为42.47%,Q20均达98%以上,表明测序质量较好。根据七大功能数据库比对结果,分别有53 853 (NR:50.48%)、29 732 (NT:27.87%)、35 889 (SwissProt:33.64%)、42 221 (KOG:39.58%)、40 258(KEGG:37.74%)、12 186 (GO:11.42%)以及42 559 (InterPro:39.89%)个Unigene获得功能注释。根据Nr注释结果,可匹配到物种为油棕、海枣、小果野芭蕉、莲等。在KOG注释中通用功能和预测占比最高。按GO功能分类,可分为生物过程、细胞组成、分子功能三类,52个分支,大量Unigene与代谢过程、细胞过程及单生物过程相关。按照KEGG功能分类,分为6类,21个功能组,大量Unigene与代谢相关,占比60.39%。本研究结果为朱顶红的矮化机理研究及其基因挖掘提供依据。
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关 键 词: | 朱顶红(Hippeastrum vittatum) 转录组 De novo 功能注释 |
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