| 水稻基因组中分泌蛋白的初步分析 |
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| 引用本文： | 吴毅歆,熊国如,袁远,罗灯涛,何月秋.水稻基因组中分泌蛋白的初步分析[J].分子植物育种,2008,6(5). |
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| 作者姓名： | 吴毅歆 熊国如 袁远 罗灯涛 何月秋 |
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| 作者单位： | 1. 云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室,昆明,650201;云南省农科院经济作物研究所,昆明,650205
2. 云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室,昆明,650201 |
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| 基金项目： | 国家863计划项目(2002AA245041)资助 |
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| 摘 要： | 本文利用Signa1P3．0两种算法NN（neural network）和HMM（hidden markov model）对水稻基因组中59712个ORF进行了初步的筛选，其中有4433个ORF编码的蛋白具有分泌特性，占整个基因组的7．3％。4433个具有分泌特性的蛋白，在染色体的分布是不均一的。在1号染色体的所占的比例最多，为8．8％；而12号染色体上所占的比例最少，为5．0％。其中在具有分泌特性的蛋白中，酶类、非酶类和推测蛋白分别占具有分泌型信号肽蛋白的24．9％、45．7％和29．5％。
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| 关 键 词： | 水稻基因组 分泌蛋白 预测 |
The Primary Analysis of Secreted Proteins in the Rice(Oryza sativa L.ssp.japonica) Genome |
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| Wu Yixin,Xiong Guoru,Yuan Yuan,Luo Dengtao,He Yueqiu.The Primary Analysis of Secreted Proteins in the Rice(Oryza sativa L.ssp.japonica) Genome[J].Molecular Plant Breeding,2008,6(5). |
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| Authors: | Wu Yixin Xiong Guoru Yuan Yuan Luo Dengtao He Yueqiu |
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| Abstract: | The 59 712 ORFs were analyzed by two algorithms neural network(NN) and hidden markov model(HMM) of SignalP3.0 and 4 433 ORFs,7.3% of the whole rice genome,encoding secreted proteins were predicted.The NO.1 Chromosome has the most secreted proteins,8.8% of the genome,and the NO.12 has the lest,5% of the genome.In the 4 433 ORFs,there are three proteins enzymes,non-enzymes and hypothetical proteins,24.9%,45.7% and 29.5% respectively. |
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| Keywords: | Rice genome Secreted protein Prediction |
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