| 海滨雀稗EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发 |
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| 引用本文： | 李华勇,王显生,王艳平,吴 燕,沈 奇,贾新平.海滨雀稗EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发[J].中国农学通报,2016,32(30):96-102. |
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| 作者姓名： | 李华勇 王显生 王艳平 吴 燕 沈 奇 贾新平 |
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| 作者单位： | 江苏省农业科学院粮食作物研究所,江苏省农业科学院粮食作物研究所,江苏省农业科学院粮食作物研究所,江苏省农业科学院粮食作物研究所,江苏省农业科学院粮食作物研究所,江苏省农业科学院园艺研究所 |
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| 基金项目： | 江苏省盐土生物资源研究重点实验室开放项目“基于转录组技术的海雀稗耐盐响应机制研究”(JKLBS2012003)；江苏省农业科技自主创新项目“主要大田作物种质资源的收集、鉴定与共享服务”(CX(14)2001)。 |
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| 摘 要： | 本研究探讨海滨雀稗EST序列中SSR位点的分布特征,开发EST-SSR引物分析其在草坪草种质资源遗传多样性研究中的应用。利用SSRIT软件对81220条海滨雀稗EST序列进行SSR位点搜索,分析EST-SSR的分布和特点,并利用Primer 3.0软件设计50对引物,选择10份草坪草对引物进行有效性和多态性检测。结果表明,从13705条海滨雀稗EST序列中检测到了22721个SSR位点,出现频率为16.87%。三核苷和单核苷酸重复为主要类型,所占比例分别为31.71%和29.28%。在检测到的163种基元中,出现最多的重复基元是A/T,其次是CCG/CGG和AGC/CTG。选择合成了50对EST-SSR引物,以海滨雀稗‘Adalady’基因组DNA为模板进行PCR扩增,其中37对引物能扩增出条带。利用这些引物对10份草坪草品种进行多态性检测,其中12对引物的扩增结果具有多态性。利用开发的EST-SSR标记对10份草坪草进行聚类分析,可将其分为4类。利用海滨雀稗EST序列开发SSR标记是可行的,开发的EST-SSR标记能有效用于草坪草遗传多样性研究。
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| 关 键 词： | 海滨雀稗 分子标记 EST-SSR 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 4/8/2016 12:00:00 AM |
| 修稿时间： | 2016/6/16 0:00:00 |
Analysis of SSR Information in EST Resources and Development of EST-SSR Marker in Paspalum vaginatum |
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| Li Huayong,Wang Xiansheng,Wang Yanping,Wu Yan,Shen Qi and Jia Xinping.Analysis of SSR Information in EST Resources and Development of EST-SSR Marker in Paspalum vaginatum[J].Chinese Agricultural Science Bulletin,2016,32(30):96-102. |
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| Authors: | Li Huayong Wang Xiansheng Wang Yanping Wu Yan Shen Qi and Jia Xinping |
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| Institution: | Institute of Food Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences,Institute of Food Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences,Institute of Food Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences,Institute of Food Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences,Institute of Food Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences,Institute of Horticulture, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Paspalum vaginatum molecular marker EST-SSR genetic diversity |
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