| RNA-seq揭示碱性盐(NaHCO3)对细叶百合鳞茎基因表达的影响 |
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| 引用本文： | 李冠嵘,何好,朱国庆,陈诗雅,徐阳,金淑梅.RNA-seq揭示碱性盐(NaHCO3)对细叶百合鳞茎基因表达的影响[J].中国农学通报,2021,37(12):64-71. |
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| 作者姓名： | 李冠嵘 何好 朱国庆 陈诗雅 徐阳 金淑梅 |
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| 作者单位： | 东北盐碱植被恢复与重建教育部重点实验室,东北林业大学生命科学学院,哈尔滨 150040 |
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| 基金项目： | 中央高校基本科研业务费专项资金资助“拟南芥抑制素AtPHB互作蛋白筛选及功能验证”(2572020DY18);黑龙江省自然科学基金联合引导项目“蒙古柳(Salix linearistipularis)耐盐相关基因prohibitin的挖掘及功能解析”(LH2019C011) |
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| 摘 要： | 本研究旨在揭示细叶百合在盐碱逆境中的基因表达表达情况,为合理利用盐碱地和大面积种植百合提供理论基础。以一年生的细叶百合鳞茎为材料,经过20 mmol/L NaHCO3处理24 h后,用Illumina HiSeqTM2000测序平台进行转录组测序。共测得56828个mRNA的注释信息,其中,55433个Unigene被注释到Nr数据库,26973条Unigene被注释到KOG数据库,23610条Unigene被注释到GO数据库,13142条Unigene被注释到KEGG数据库的五大类中。共鉴定出390个差异表达基因。选取了9个与盐碱胁迫密切相关的基因进行qPCR验证,9个基因的表达结果与转录组的结果基本趋于一致。通过细叶百合在碳酸盐(NaHCO3)逆境下的转录组对比数据,提供了许多的基因表达通路和表达量的差异,为合理利用盐碱地和大面积种植百合提供理论基础。
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| 关 键 词： | 细叶百合 鳞茎 NaHCO3 逆境 转录组 基因表达 表达量 qPCR |
| 收稿时间： | 2020-08-25 |
Salt-stress (NaHCO3) Revealed by RNA-seq: Effect on Gene Expression in Lilium pumilum Bulb |
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| Li Guanrong,He Hao,Zhu Guoqing,Chen Shiya,Xu Yang,Jin Shumei.Salt-stress (NaHCO3) Revealed by RNA-seq: Effect on Gene Expression in Lilium pumilum Bulb[J].Chinese Agricultural Science Bulletin,2021,37(12):64-71. |
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| Authors: | Li Guanrong He Hao Zhu Guoqing Chen Shiya Xu Yang Jin Shumei |
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| Institution: | Key Laboratory of Saline-alkali Vegetation Ecology Restoration, Ministry of Education, College of Life Sciences, Northeast Forestry University, Harbin 150040 |
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