| 陆地棉Nudix基因家族的全基因组鉴定及表达分析 |
| |
| 引用本文： | 窦玲玲,孙亚如,赵琴,田瑞洁,康洋洋,朱怡然,杨蕾蕾,王彩虹,冯宇,王文博,肖光辉.陆地棉Nudix基因家族的全基因组鉴定及表达分析[J].棉花学报,2021,33(2):112-123. |
| |
| 作者姓名： | 窦玲玲 孙亚如 赵琴 田瑞洁 康洋洋 朱怡然 杨蕾蕾 王彩虹 冯宇 王文博 肖光辉 |
| |
| 作者单位： | 咸阳师范学院化学与化工学院;河南大学生命科学学院;陕西师范大学生命科学学院 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目(31600223);棉花生物学国家重点实验室开放课题(CB2019A03);陕西省自然科学基金青年项目(2019JQ-062);陕西省科协青年托举人才计划(20190205);2020年陕西省大学生创新创业训练计划项目(S202010722071);2020年咸阳师范学院综合类科研基金项目(XSYK20002)。 |
| |
| 摘 要： | 【目的】Nudix是一类能够催化各种核苷二磷酸衍生物水解的酶,具有维持遗传物质稳定,响应逆境胁迫等生物学功能。本研究旨在对陆地棉Nudix基因进行全基因组分析,为深入研究Nudix基因家族参与棉纤维生长发育调控机制提供参考。【方法】通过生物信息学方法对陆地棉基因组(ZJU_v2.1)的Nudix基因进行全基因组鉴定,并系统分析Nudix基因家族成员的理化性质、序列特征、基因复制、系统进化和表达情况。【结果】从陆地棉基因组中共鉴定到76个GhNudix基因,经聚类分析将其分为7个亚组(CladeⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅶ)。基因复制分析表明,片段重复是陆地棉GhNudix基因家族成员扩增的主要原因。转录组数据表明GhNudix基因的表达不但有组织特异性而且有时间特异性。其中在纤维发育的起始和伸长阶段高调表达的GhNudix基因主要分布在CladeⅠ和Ⅱ;且大部分CladeⅠ和Ⅱ亚组的GhNudix基因启动子含有响应生长素和赤霉素的顺式作用元件,由此推测CladeⅠ和Ⅱ亚组的GhNudix基因在陆地棉纤维的起始和伸长阶段发挥作用。【结论】陆地棉GhNudix基因家族的全基因组鉴定和分析,为后续研究其在棉纤维发育中的作用机制提供参考。
|
| 关 键 词： | 陆地棉 Nudix基因 系统进化 表达分析 |
Genome-wide identification and expression analysis of Nudix gene family in upland cotton |
| |
| Dou Lingling,Sun Yaru,Zhao Qin,Tian Ruijie,Kang Yangyang,Zhu Yiran,Yang Leilei,Wang Caihong,Feng Yu,Wang Wenbo,Xiao Guanghui.Genome-wide identification and expression analysis of Nudix gene family in upland cotton[J].Cotton Science,2021,33(2):112-123. |
| |
| Authors: | Dou Lingling Sun Yaru Zhao Qin Tian Ruijie Kang Yangyang Zhu Yiran Yang Leilei Wang Caihong Feng Yu Wang Wenbo Xiao Guanghui |
| |
| Institution: | 1. School of Chemistry and Chemical Engineering, Xianyang Normal University, Xianyang, Shaanxi 712000, China; 2. School of Life Sciences, Henan University, Kaifeng, Henan 475004, China; 3. College of Life Sciences, Shaanxi Normal University, Xi’an 710119, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Gossypim hirsutum Nudix gene phylogenetic analysis expression analysis |
| 本文献已被 维普 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《棉花学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《棉花学报》下载免费的PDF全文 |
|
