| 陆地棉REM基因家族全基因组鉴定及表达分析 |
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| 引用本文： | 石荣康,张冬梅,孙正文,刘正文,解美霞,张艳,马峙英,王省芬.陆地棉REM基因家族全基因组鉴定及表达分析[J].棉花学报,2021,33(2):95-111. |
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| 作者姓名： | 石荣康 张冬梅 孙正文 刘正文 解美霞 张艳 马峙英 王省芬 |
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| 作者单位： | 华北作物改良与调控国家重点实验室/河北省棉花产业协同创新中心/河北省作物种质资源重点实验室/河北农业大学农学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31971982);河北农业大学引进人才科研专项。 |
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| 摘 要： | 【目的】REM(Reproductive meristem)基因家族编码一类转录因子在植物生长发育过程中发挥重要作用,但在棉花中未见报道。【方法】基于陆地棉基因组数据和公共数据库中的转录组数据,运用生物信息学方法对陆地棉REM基因家族成员进行系统鉴定,并对该基因家族的理化性质、基因结构、组织表达特异性以及胁迫条件下的表达规律等进行分析。【结果】陆地棉REM基因家族包含79个成员,分布在25条染色体上,可分为5个亚组。每个成员编码的蛋白质至少含有1个B3结构域,大部分定位在细胞核。基因上游2 kb序列中存在激素及胁迫响应等顺式作用元件。组织表达特性分析结果显示,大部分REM基因在胚珠或纤维中的表达量较其他组织更高。逆境胁迫下的表达分析显示,29个基因响应棉花冷、热、盐或干旱胁迫。对6个基因在纤维不同发育时期表达量进行分析,发现这些基因的表达与已发表的转录组数据基本一致。【结论】明确了REM基因家族在基因组中的分布特征、结构特征以及系统进化特征,根据转录组数据初步揭示了该家族基因在生长发育和抗逆中的功能。
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| 关 键 词： | 陆地棉 REM基因家族 生物信息学分析 启动子 表达分析 |
Genome-wide identification and expression analysis of REM gene family in Gossypium hirsutum |
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| Shi Rongkang,Zhang Dongmei,Sun Zhengwen,Liu Zhengwen,Xie Meixia,Zhang Yan,Ma Zhiying,Wang Xingfen.Genome-wide identification and expression analysis of REM gene family in Gossypium hirsutum[J].Cotton Science,2021,33(2):95-111. |
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| Authors: | Shi Rongkang Zhang Dongmei Sun Zhengwen Liu Zhengwen Xie Meixia Zhang Yan Ma Zhiying Wang Xingfen |
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| Institution: | State Key Laboratory of North China Crop Improvement and Regulation / Co-Innovation Center for Cotton Industry of Hebei Province / Key Laboratory for Crop Germplasm Resources of Hebei / College of Agronomy, Hebei Agricultural University, Baoding, Hebei 071001, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Gossypium hirsutum L REM gene family bioinformatics analysis promoter expression analysis |
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