| 用生物信息学挖掘玉米中的microRNAs及其靶基因 |
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| 引用本文： | 张志明,宋锐,彭华,罗茂,沈亚欧,刘丽,赵茂俊,潘光堂.用生物信息学挖掘玉米中的microRNAs及其靶基因[J].作物学报,2010,36(8):1324-1335. |
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| 作者姓名： | 张志明 宋锐 彭华 罗茂 沈亚欧 刘丽 赵茂俊 潘光堂 |
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| 作者单位： | 四川农业大学玉米研究所,四川雅安625014 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目，教育部高等学校博士学科点专项科研基金项目 |
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| 摘 要： | microRNA(miRNA)是一类内源性的、19～24碱基长度的小分子非编码RNA,通过碱基互补调控靶基因的表达,在多细胞生物的基因表达调控过程中扮演着十分重要的角色。植物中的miRNAs具有高度的保守性,这为通过同源比对发现保守的miRNAs提供了思路和途径。本研究通过对拟南芥、水稻等植物已知的miRNAs与玉米EST和GSS数据库的比对,并设置一系列严格的筛选标准,共筛选到23条新的玉米miRNAs;利用WMD3在线植物miRNAs靶基因预测软件,对新发现的玉米miRNAs进行靶基因预测,总共预测到89个靶基因,进一步功能分析发现,这些靶基因参与玉米的生长发育、信号转导、转录调节、新陈代谢及逆境胁迫响应等调控过程。
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| 关 键 词： | microRNA(miRNA) 生物信息学 预测 靶基因 玉米 |
| 收稿时间： | 2009-12-30 |
Bioinformatic Prediction of microRNAs and Their Target Genes in Maize |
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| ZHANG Zhi-Ming,SONG Rui,PENG Hua,LUO Mao,SHEN Ya-Ou,LIU Li,ZHAO Mao-Jun,PAN Guang-Tang.Bioinformatic Prediction of microRNAs and Their Target Genes in Maize[J].Acta Agronomica Sinica,2010,36(8):1324-1335. |
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| Authors: | ZHANG Zhi-Ming SONG Rui PENG Hua LUO Mao SHEN Ya-Ou LIU Li ZHAO Mao-Jun PAN Guang-Tang |
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| Institution: | Maize Research Institute,Sichuan Agricultural University,Ya'an 625014,China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | microRNA(miRNA) |
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