| 碱胁迫下榆叶梅差异基因表达分析 |
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| 引用本文： | 刘佳,田云,邓家林.碱胁迫下榆叶梅差异基因表达分析[J].核农学报,2020,34(7):1397-1408. |
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| 作者姓名： | 刘佳 田云 邓家林 |
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| 作者单位： | 1 四川省农业科学院园艺研究所,四川 成都 610066; 2 农业农村部西南地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,四川 成都 610066 |
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| 基金项目： | 四川省科技扶贫专项;四川省财政创新能力提升工程专项;科技成果中试熟化与示范转化工程项目 |
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| 摘 要： | 为了解榆叶梅(Prumus triloba Lindl.)在短期碱胁迫下的分子响应机制,本研究采用Illumina HiSeqTM2500高通量测序技术对其在0、1、3、6、12 h碱胁迫下的叶片进行了de novo转录组测序,以此鉴定与碱胁迫相关的差异表达基因(DEGs)。结果表明,从5 960万条raw reads中获得了约5 300万条高质量clean reads,经从头组装后获得了124 786条榆叶梅unigenes。基于8 948个 unigenes差异表达(DEGs), GO富集分析发现,其中有28个基因可能在早期碱胁迫响应机制中起着重要作用; KEGG富集分析发现,不同碱处理时间下的KEGG途径(pathways)具有显著差异。对7个碱性胁迫反应相关基因进行RT-qPCR验证,所得基因的表达模式与RNA-Seq数据结果一致,证实了RNA-Seq结果的可靠性。本研究首次对碱胁迫下的榆叶梅叶片进行了转录组分析,获得的序列数据极大地丰富了榆叶梅可利用的基因资源,深入了解了榆叶梅碱胁迫的分子响应机制,同时为研究以榆叶梅为砧木的中国李(Prunus salicina)在碱胁迫下的适应机制奠定了分子研究基础。
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| 关 键 词： | 榆叶梅 碱胁迫 差异表达基因 |
| 收稿时间： | 2019-02-18 |
Differential Gene Expression Analysis of Prunus triloba Lindl. Under Alkaline Stress |
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| LIU Jia,TIAN Yun,DENG Jialin.Differential Gene Expression Analysis of Prunus triloba Lindl. Under Alkaline Stress[J].Acta Agriculturae Nucleatae Sinica,2020,34(7):1397-1408. |
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| Authors: | LIU Jia TIAN Yun DENG Jialin |
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| Institution: | 1 Horticulture Research Institute, Sichuan Academy of Agricultural Sciences, Chengdu, Sichuan 610066; 2 Southwestern Key laboratory of Horticultural Crops Biology and Germplasm Enhancement, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Chengdu, Sichuan 610066 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Prunus triloba Lindl alkaline stress differentially expressed genes |
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