| 独行菜LaBBX基因低温表达响应与密码子偏性分析 |
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| 引用本文： | 周茜,陈芸,王玉州,王继莲,凯迪日耶 ,玉苏普,赵惠新.独行菜LaBBX基因低温表达响应与密码子偏性分析[J].核农学报,2021,35(6):1253-1262. |
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| 作者姓名： | 周茜 陈芸 王玉州 王继莲 凯迪日耶 玉苏普 赵惠新 |
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| 作者单位： | 1喀什大学生命与地理科学学院/叶尔羌绿洲生态与生物资源研究高校重点实验室,新疆 喀什 844006; 2新疆师范大学生命科学学院/新疆特殊环境物种保护与调控生物学实验室/干旱区植物逆境生物学实验室,新疆 乌鲁木齐 830054 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31660079、U1703112),喀什大学校级科研项目(022019110) |
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| 摘 要： | BBX是调控植物非生物胁迫相关基因表达,响应植物逆境胁迫的重要锌指蛋白类转录因子。为探究BBX在独行菜(Lepidium apetalum)幼苗耐受低温生长中的表达响应及其密码子偏好性,本研究基于独行菜转录组数据,筛选独行菜BBX编码基因的cDNA序列,并从独行菜幼苗中克隆获得全长733 bp的基因编码区序列,命名为LaBBX。序列分析表明,LaBBX由242个氨基酸组成,包含2个B-box锌指蛋白结构域,蛋白分子量为61.66 kDa,等电点为5.09,无信号肽和跨膜区。独行菜幼苗受低温胁迫时,LaBBX基因显著上调表达,6 h上调表达至21倍,且24 h内均呈现高水平表达,说明该转录因子可能在独行菜幼苗受低温胁迫时起重要作用。偏好性分析结果显示,独行菜LaBBX基因的ENc、CAI值和GC含量分别为55.453、0.244和46.78%,其密码子使用偏性较弱,相对偏好使用AT,高频密码子有8个,CDS序列及RSCU聚类分析中与十字花科植物最相近;其偏好性的形成与突变和自然选择等诸多因素相关,酵母菌表达系统更适合作为LaBBX基因的异源表达受体,拟南芥是适宜LaBBX基因的遗传转化受体。本研究为了解独行菜LaBBX基因的异源表达及基因功能提供了重要参考。
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| 关 键 词： | 独行菜 BBX转录因子 基因克隆 表达分析 密码子偏性 聚类分析 |
| 收稿时间： | 2020-07-24 |
Expression Response to Low-Temperature Stress and Codon Bias Analysis of LaBBX Gene in Lepidium apetalum |
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| ZHOU Qian,CHEN Yun,WANG Yuzhou,WANG Jilian,KAIDIRIYE ,Yusupul,ZHAO Huixin.Expression Response to Low-Temperature Stress and Codon Bias Analysis of LaBBX Gene in Lepidium apetalum[J].Acta Agriculturae Nucleatae Sinica,2021,35(6):1253-1262. |
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| Authors: | ZHOU Qian CHEN Yun WANG Yuzhou WANG Jilian KAIDIRIYE Yusupul ZHAO Huixin |
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| Institution: | 1College of Life and Geography Sciences/Key Laboratory of Ecology and Biological Resources in Yarkand Oasis, Kashi University, Kashi, Xinjiang 844006; 2College of Life Science/Xinjiang Key Laboratory of Special Species Conservation and Regulatory Biology/Key Laboratory of Plant Stress Biology in Arid Land, Xinjiang Normal University, Urumqi, Xinjiang 830054 |
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