基于石蒜属转录组序列的SSR分子标记开发应用 |
| |
引用本文: | 李青竹,蔡友铭,张永春,许俊旭,杨柳燕,孙翊.基于石蒜属转录组序列的SSR分子标记开发应用[J].核农学报,2021,35(9):2002-2015. |
| |
作者姓名: | 李青竹 蔡友铭 张永春 许俊旭 杨柳燕 孙翊 |
| |
作者单位: | 上海市农业科学院林木果树研究所/上海市设施园艺技术重点实验室,上海 201106 |
| |
基金项目: | 上海市农委产业体系建设专项资助项目(沪农科产字2020第8号);国家自然科学基金项目(31801889);上海市青年科技启明星计划(20QB1404100) |
| |
摘 要: | 为开发石蒜属简单重复序列(SSR)分子标记,并研究SSR引物在石蒜属内的通用性,本研究对石蒜属石蒜、忽地笑、中国石蒜、长筒石蒜、换锦花、香石蒜6个种质转录组测序,检测SSR位点并设计引物,通过PCR扩增和毛细管电泳判断引物的有效性和多态性,绘制石蒜属17个种质资源的指纹图谱并对杂交后代的真实性进行早期检测。结果表明,共获得404 481条Unigenes,利用数据库进行同源比对和功能注释,并对Unigene进行SSR位点挖掘和分析,共检测到59 612个SSR位点。其中,单核苷酸重复>二核苷酸重复>三核苷酸重复,分别占SSR总数的62.88%、20.06%和14.66%,四核苷酸及以上重复单元相对较少。选取并合成8对荧光引物进行PCR扩增,通过毛细管电泳检测发现,8对荧光引物共检测到60个多态位点,多态位点数平均为7.50,多态性信息含量(PIC)值变化范围为0.148 0~0.940 8,平均值为0.593 0。利用引物扩增带型组合法构建了石蒜属17个种资源的指纹图谱,其中引物QZ209可区分所有供试材料,并可用于杂交后代鉴定。本研究开发的SSR标记具有丰富的多态性,在石蒜属植物的资源多样性分析、杂交种鉴定及遗传图谱的构建应用中具有重要意义。
|
关 键 词: | 石蒜属 转录组 SSR分子标记 指纹图谱 子代鉴定 |
收稿时间: | 2020-06-22 |
本文献已被 万方数据 等数据库收录! |
| 点击此处可从《核农学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《核农学报》下载免费的PDF全文 |
|