| 大白菜InDels标记开发及其在剩余杂合体鉴定中的应用 |
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| 引用本文： | 张志刚,赵智中,李巧云,王晓,刘栓桃,王淑芬,徐文玲,刘贤娴,刘辰.大白菜InDels标记开发及其在剩余杂合体鉴定中的应用[J].农业生物技术学报,2016(4):510-518. |
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| 作者姓名： | 张志刚 赵智中 李巧云 王晓 刘栓桃 王淑芬 徐文玲 刘贤娴 刘辰 |
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| 作者单位： | 山东省农业科学院蔬菜花卉研究所,山东省设施蔬菜生物学重点实验室/国家蔬菜改良中心山东分中心,济南,250100 |
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| 基金项目： | 山东省自然科学基金(No.ZR2014CM021;No.ZR2015YL073)、山东省农业良种工程2014项目“十字花科名产蔬菜新品种选育”(No.2014LNK-96-PZTP-10)和山东省农业科学院青年基金(No.2014QNM11) |
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| 摘 要： | 大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)参考基因组序列的公布及测序成本的降低为大规模开发插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)标记提供了可能.本研究以性状差异明显的大白菜自交系He102与06-247为亲本,开展了全基因组重测序、标记开发和验证工作.二者测序深度分别为10×和8×,经筛选共获得330 218个InDels差异位点,出现频率为1.2个/kb,其中有11 238个差异位点位于编码区,包括5 184个差异基因,每个基因平均包含2.2个差异位点.分别以He102与06-247测序数据中筛选出的多态性InDels位点为参照,从10条染色体上随机选择933个位点进行了PCR扩增及电泳检测验证.结果表明,测序深度对假阳性率有直接影响,以测序较深的材料中筛选到的差异位点为参照,其验证结果的假阳性率亦较高,反之则较低.本研究中以He102与06-247为参照选择InDels位点验证的平均假阳性率分别是51.9％和22.5％.从933个位点中共筛选出593个在亲本之间实际表现为多态性的位点,这些差异位点中有375个位于编码区,是潜在的功能性标记.利用上述差异位点,检测了He102与06-247衍生的F7代重组自交系群体,明确了F7代各株系在593个位点的纯/杂合状态,为利用剩余杂合株系精细解析和精准定位大白菜耐抽薹、抗病毒、抗干烧心等重要农艺性状奠定了基础.
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| 关 键 词： | 大白菜 重测序 全基因组 InDels标记 剩余杂合体(RHL) |
Development of InDels Markers and Their Usage in Detection of Residual Heterozygous Lines in Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp.pekinensis) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Chinese cabbage (Brassica rapa ssp pekinensis) Re-sequencing Whole genome InDels markers Residual heterozygous line (RHL) |
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