肖蒲桃叶绿体基因组结构特征及系统发育关系 |
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引用本文: | 邓演文,刘晓洲,卓定龙,曾 凤.肖蒲桃叶绿体基因组结构特征及系统发育关系[J].广东农业科学,2021,48(6):38-46. |
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作者姓名: | 邓演文 刘晓洲 卓定龙 曾 凤 |
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作者单位: | 广州普邦园林股份有限公司,广东 广州 510627 |
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基金项目: | 广州普邦园林股份有限公司,广东 广州 510627 |
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摘 要: | 【目的】肖蒲桃(Syzygium acuminatissimum)是我国南方高价值的硬木树种之一,适宜作为行道树或园景树。研究揭示肖蒲桃叶绿体基因组的结构特征及系统发育关系,对蒲桃属甚至桃金娘科的分类学研究具有重要意义。【方法】使用CTAB法提取肖蒲桃叶片基因组DNA。利用Illumina HiSeq X TEN平台进行高通量测序,在SPAdes v3.13.0上组装叶绿体基因组,并通过GeSeq注释肖蒲桃的完整叶绿体基因组。分析了肖蒲桃叶绿体基因组的结构特征、序列特征及系统发育关系。【结果】肖蒲桃完整的叶绿体基因组长度为159 352 bp,共有109个基因,包括78个蛋白质编码基因、27个tRNA基因和4个r RNA基因,其中17个基因具有内含子;检测到21 379个密码子,其中丝氨酸密码子最丰富、蛋氨酸密码子最匮乏;检测到47个RNA可编辑位点,其中ndhB基因最多(10个);检测到48个长片段重复序列,其中18个正向重复、6个反向重复、22个回文重复和2个互补重复;检测到230个简单重复序列,其中绝大多数为单核苷酸(205个)。基因组比较分析结果表明,4个蒲桃属植物的IR边界有较小差异,核苷酸多样性高于0.015的区间有7个。系统发育分析结果表明,肖蒲桃与丁香蒲桃(S. aromaticum)关系密切。【结论】研究结果有助于开展后续的蒲桃属系统发育研究和物种鉴定工作。
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关 键 词: | 肖蒲桃 叶绿体 系统进化 桃金娘科 蒲桃属 |
Structural Characteristics and Phylogenetic Relationship of
Chloroplast Genome of Syzygium acuminatissimum |
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Abstract: | |
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Keywords: | Syzygium acuminatissimum chloroplast phylogeny Myrtaceae Syzygium |
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