猪CA5B基因的序列特征和表达分析

旨在通过分析猪CA5B （线粒体碳酸酐酶VB，carbonic anhydrase 5b， mitochondria；CA5B/CAVB/Car5b）基因的序列特征和时空表达，解析CA5B对猪组织器官发育和代谢的影响。本研究采集6头240日龄贵州猪（公、母各3头）的心、肝、脾、肺、肾、皮下脂肪、背最长肌、睾丸、卵巢，采集通城猪和长白猪27个生长发育时间点（出生前33、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105 d和出生后0、9、20、30、40、60、80、100、120、140、160、180 d）（每个品种3头）的骨骼肌，提取上述组织器官RNA进行转录组测序，分析CA5B基因的组织表达谱以及骨骼肌27个生长发育时间点的时序表达；基于NCBI数据库中CA5B蛋白序列，进行物种间的保守性分析，构建系统进化树，分析蛋白互作网络；通过Targetscan、PicTar和miRanda等软件预测与CA5B结合的潜在miRNAs，并在猪RNA编辑数据库中分析CA5B基因潜在的RNA编辑位点。结果发现，CA5B基因在猪、人、小鼠、猴、牛、马、山羊、绵羊、狗和猫中高度保守，相对于小鼠而言，猪CA5B蛋白优先与人聚为一类。CA5B蛋白与线粒体跨膜运输蛋白、类肌球蛋白卷曲螺旋蛋白、细胞色素家族等互作；CA5B在猪的脂肪、睾丸以及卵巢中高表达，在骨骼肌生长发育过程中胚胎期的表达高于出生后阶段；靶标预测结果表明，CA5B可能受ssc-miR-22-5p调控（P<0.05）；此外，CA5B还存在3个RNA编辑位点。结果提示，CA5B可能在猪骨骼肌生长发育和能量储存利用中起重要作用。

Sequence Characteristics and Expression Analysis of CA5B Gene in Pigs