猪戊型肝炎病毒新疆株swCH25全基因序列的分析

 设计18对PCR引物分片段扩增猪戊型肝炎病毒新疆分离株swCH25全基因，对两末端采用末端快速扩增方法（RACE）进行扩增，扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序。用DNAstar软件进行序列同源性分析，PHYLIP软件绘制基因进化树，在全基因序列的基础上比较猪HEV与其它HEV基因型的差异和人源HEV的关系。结果显示swCH25全序列除去3′poly（A）尾，由7 243个核苷酸组成，ORF 1～3分别编码含1070，674和114个氨基酸的蛋白质。全基因序列与HEVⅠ、Ⅱ和Ⅲ型同源性73.5%～75.7%，与Ⅳ型的同源性为83.5%～89.8%，其中与Ⅳ型中国人源T1株最高，达89.8%。ORF1与Ⅰ～Ⅲ和Ⅳ型的核苷酸同源性分别为71.6%～74%和82.3%～89.4%，氨基酸同源性为80.7%～86.1%和94.3%～96.0%；ORF2与Ⅰ～Ⅲ和Ⅳ型的核苷酸同源性分别为78.4%～81.3%和87.1%～90.9%，氨基酸同源性为89.7%～93.8%和97.2%～98.2%；ORF3与Ⅰ～Ⅲ和Ⅳ型的核苷酸同源性分别为84.4%～87.3%和95.4%～96.8%，氨基酸同源性为74.8%～83.2%和93.8%～97.4%,基因进化树显示swCH25与基因Ⅳ型人源T1株最接近，在同一分支上。swCH25株是国内第一个测出全基因序列的猪戊型肝炎病毒。

Analysis of the Complete Genome of a Strain swCH25 of Swine Hepatitis E Virus Isolated from Xinjiang