陕西省猪流行性腹泻病毒S基因克隆与生物学信息分析

【目的】分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒（PEDV）主要毒力基因的生物学信息特征，揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况，为防控猪流行性腹泻提供理论参考。【方法】参考PEDV全基因序列设计4对引物，采用RT-PCR方法分段扩增10株陕西省PEDV流行毒株S基因。利用生物信息分析软件，将获得的PEDV流行毒株S基因与GenBank中公开的57株PEDV序列进行比对分析。【结果】获得了10株陕西省PEDV流行毒株S基因全序列，长度为4 149～4 167 bp。将序列上传GenBank，获得相应的登录号为OL855978～OL855987。系统进化树分析显示，67个PEDV毒株分为G1a、G1b、G2a和G2b 4个亚群，10株PEDV流行毒株均属于G2b亚群，且遗传距离较近，与我国多个省区近年流行毒株亲缘关系较近。同源性分析结果表明，10株流行毒株之间S基因核苷酸序列同源性为95.4%～98.3%，氨基酸同源性为91.0%～98.1%；10株流行毒株与疫苗毒株S基因核苷酸序列同源性为91.7%～98.5%，氨基酸同源性为87.8%～98.5%。与G1a亚群的SD-M、CV777疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较低，而与G2b亚群的AJ1102、LNCT2、LW/L、XJ-DB2疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较高。与CV777 S蛋白相比较，共有88个氨基酸位点出现变异，变异位点占总位点数的6.36%（88/1 383），其中在59～62位氨基酸有7株毒株出现了QGVN插入，在140位氨基酸有8株毒株出现N插入，在160～161位氨基酸有7株毒株出现DG缺失。S蛋白主要的中和表位、抗原表位和单抗识别表位出现多个变异位点。二级结构预测发现，与CV777相比较，多数流行毒株S蛋白的α螺旋、无规则卷曲占比稍有增加，β转角、延伸占比有所下降。S蛋白糖基化位点预测结果表明，与CV777株相比，流行毒株有多个引入或缺失的糖基化位点。【结论】陕西省PEDV流行毒株S蛋白抗原性发生了较大变化，推测疫苗免疫保护效果下降与此密切相关。

Cloning and biological information analysis of S gene of porcine epidemic diarrhea virus in Shaanxi