| 白芨内生细菌组成及多样性分析 |
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| 引用本文： | 陈泽斌,李冰,王定康,徐胜光,刘佳妮,余磊,张永福,任禛,靳松. 白芨内生细菌组成及多样性分析[J]. 南方农业学报, 2016, 47(2): 227-233. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2016.02.227 |
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| 作者姓名： | 陈泽斌 李冰 王定康 徐胜光 刘佳妮 余磊 张永福 任禛 靳松 |
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| 作者单位： | 昆明学院农学院,昆明650214云南省都市特色农业工程技术研究中心,昆明650214中国科学院昆明动物研究所,昆明,650223昆明学院生命科学与技术系,昆明,650214昆明学院农学院,昆明,650214 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31460491)，云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)，昆明学院人才引进项目(YJL14005)，云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) |
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| 摘 要： | ![]()
[目的]调查白芨内生细菌种类及多样性,为更好地保护和开发利用白芨资源提供科学依据.[方法]应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定白芨内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种丰度及分布的差异.[结果]获得用于分析的有效序列和OTU数为49550/48;稀释曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和.白芨内生细菌主要分布于鞘脂单胞菌属(Sph ingomonas,3226%)、地杆菌属(Pecobacter,16.13%)、盐单胞菌属(Halomonas,16.13%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,12.90%)、Kaistobactc届(6.45%)、希瓦氏菌属(Shcwanclla,6.45%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.45%)和短波单胞菌属(Brevundimonas,3.23%)8个属.[结论]鞘脂单胞菌属、地杆菌属、盐单胞菌属和土壤杆菌属是白芨内生细菌的优势种群.Illumina MiSeq高通量测序技术能准确反映植物内生微生物的种类组成和真实比例,在植物内生微生物研究中具有明显的优势和可行性.
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| 关 键 词： | 高通量测序 白芨 内生细菌 多样性 |
Composition and diversity of endophytic bacteria in Bletilla striata |
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| Abstract: | ![]()
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| Keywords: | high-throughput sequencing B.striata endophytic bacteria diversity |
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