| 三角鲂MHCⅠα基因全长cDNA克隆与生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 刘凯,谢楠,郭炜,马恒甲. 三角鲂MHCⅠα基因全长cDNA克隆与生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2022, 34(6): 1162. DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2022.06.07 |
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| 作者姓名： | 刘凯 谢楠 郭炜 马恒甲 |
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| 作者单位： | 杭州市农业科学研究院 水产研究所,浙江 杭州 310024 |
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| 基金项目： | 杭州市农科院创新基金(2019HNCT-01);杭州市农业科研主动设计项目(20162012A03);现代农业产业技术体系专项(CARS-45-39) |
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| 摘 要： | ![]()
主要组织相容复合体（major histocompatibility complex,MHC）是一类具有高度多态性的分子,在脊椎动物的先天免疫应答中起到重要作用。根据已报道鱼类的MHCⅠα基因序列设计特异性引物,通过RT-PCR和RACE技术克隆三角鲂MHCⅠα基因cDNA序列全长,命名为Mete-UAA,并对其进行生物信息学分析。结果显示,Mete-UAA全长为2 102 bp,包含1 044 bp的开放阅读框,编码347个氨基酸。编码的MHCⅠα蛋白质预测分子量为38 699.18,等电点5.23,含有16个氨基酸组成的信号肽,具有亲水性,定位于细胞膜上,具有1个N-糖基化、3个O-糖基化和39个磷酸化的潜在位点。氨基酸序列同源性比对发现,Mete-UAA氨基酸序列与团头鲂同源性最高为75.79%,与草鱼同源性稍低于团头鲂,为75.25%。Mete-UAA具有MHCⅠα的典型结构特征,包含1个前导肽、3个胞外结构域、1个跨膜区和1个胞质区。二级结构分析显示,Mete-UAA蛋白质中α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲所占的比例分别为25.94%、9.22%、26.80%和38.04%。基于转录组学分析表明,感染嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)后三角鲂MHCⅠα基因表达呈总体下降趋势。本研究从三角鲂肝中成功克隆MHCⅠα基因,分析了其生物信息学特征,为后续研究MHCⅠα参与调控三角鲂先天免疫应答的机制提供理论基础。
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| 关 键 词： | 三角鲂 主要组织相容复合体 基因克隆 生物信息学分析 |
| 收稿时间： | 2021-08-26 |
Full-length cDNA cloning and bioinformatic analysis of MHCⅠα gene from black amur bream (Megalobrama terminalis) |
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| LIU Kai,XIE Nan,GUO Wei,MA Hengjia. Full-length cDNA cloning and bioinformatic analysis of MHCⅠα gene from black amur bream (Megalobrama terminalis)[J]. Acta Agriculturae Zhejiangensis, 2022, 34(6): 1162. DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2022.06.07 |
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| Authors: | LIU Kai XIE Nan GUO Wei MA Hengjia |
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| Affiliation: | Institute of Fishery Science, Hangzhou Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou 310024, China |
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| Abstract: | ![]()
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| Keywords: | Megalobrama terminalis major histocompatibility complex gene cloning bioinformatic analysis |
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