杜梨叶绿体基因组密码子偏好性分析

为了明确杜梨叶绿体基因组密码子的使用偏性,以杜梨叶绿体基因组中的 37 条蛋白质编码序列为研究对 象,利用 Codon W 1.4.2 和在线软件 CUSP 等对其密码子进行了中性绘图分析、ENC-plot 和 PR2-plot 分析。结 果表明：（1）杜梨叶绿体基因组密码子不同位置 GC 碱基含量为：GC1（48.45%）＞ GC2（40.76%）＞ GC3（28.66%）, 说明密码子末位碱基偏好以 A/U 结尾;（2）有效密码子数（ENC）取值范围是 33.13 ～ 52.73,表明密码子偏 性较弱;（3）相对同义密码子（RSCU）分析表明,其值＞ 1 的密码子有 30 个,其中以 A、U 结尾的有 29 个; （4）GC3 和 GC12 无显著相关,相关系数和回归系数分别为 -0.143 4 和 0.207 2; ENC-plot 中大部分基因分布 于曲线周围和下方,ENC 比值分布在 -0.05 ～ 0.05 区间的有 14 个,说明密码子偏性主要受选择的影响;PR2-plot 分析中,T 的使用频率高于 A,G 的使用频率高于 C,说明密码子偏性受多重因素影响;（5）最终筛选出UUU、UAA、AUU 等 18 个密码子为最优密码子,多以 A 或 U 结尾。综上所述,杜梨叶绿体基因组密码子的使用主要受选择影响,研究结果可为杜梨乃至梨属植物叶绿体基因组学的研究提供理论依据。