免疫压力下HP-PRRSV田间流行毒株的遗传进化分析

为研究在免疫压力下HP-PRRSV田间流行毒株的遗传进化情况,选取2家疫苗免疫猪场、2家未免疫猪场,连续2年每季度采集血清利用ELISA检测PRRSV抗体;采集血清、组织病料及精液通过RT-PCR检测PRRSV病原,并对阳性样品进行扩增、克隆、测序分析。结果,共获得Nsp2基因序列91个,ORF5、ORF6、ORF7基因序列各98个,均属于美洲型高致病性变异毒株(HP-PRRSV);Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别为90.1%¹00%和91.6%100%和91.6%¹00%、83.3%100%、83.3%¹00%和81.1%100%和81.1%¹00%、96.6%100%、96.6%¹00%和96.0%100%和96.0%¹00%、91.1%100%、91.1%¹00%和91.4%100%和91.4%¹00%,表明ORF6基因的同源性最高、ORF5基因的同源性最低;Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均进化速率分别为4.30×10-4、4.09×10-5、2.65×10-6、4.89×10-6 substitutions/site/day(s/s/d),表明Nsp2基因最容易发生变异,而ORF6基因最稳定;Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均进化速率在免疫猪场分别为4.42×10-4、4.20×10-5、2.71×10-6和4.93×10-6 s/s/d,在非免疫猪场分别为4.18×10-4、3.98×10-5、2.59×10-6和4.84×10-6 s/s/d,表明免疫猪场中HP-PRRSV流行毒株的进化速率高于非免疫猪场中HPPRRSV流行毒株的进化速率。本研究结果为掌握HP-PRRSV的分子流行病学规律提供了详细的基础数据。

Evolution of highly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus field strains under immune selective pressure