| 紫背天葵高通量转录组测序分析 |
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| 引用本文： | 张少平,洪建基,邱珊莲,郑云云,张帅,吴松海,何炎森,郑开斌,郑加协. 紫背天葵高通量转录组测序分析[J]. 园艺学报, 2016, 43(5): 935-946. DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0140 |
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| 作者姓名： | 张少平 洪建基 邱珊莲 郑云云 张帅 吴松海 何炎森 郑开斌 郑加协 |
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| 作者单位： | （1福建省农业科学院亚热带农业研究所，福建漳州 363005；2福建省农业科学院作物研究所，福州350013） |
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| 基金项目： | 福建省自然科学基金项目(2013J01097)，福建省科技创新平台建设项目(2014N2006)，福建省财政专项—省农业科学院科技创新团队项目(CXTD-2-1320)，福建省农业科学院青年英才计划项目(YC2015-19) |
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| 摘 要： | 为探讨紫背天葵(Gynura bicolor)花青素等物质合成的遗传基础,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq 2500)对其嫩叶进行转录组测序,共获得21 387 624个序列读取片段(reads),将测序数据进行序列组装后,获得33 314个单基因簇(Unigene),其中超过1 kb的7 792个Unigene中共检测到2 387个SSR位点。对所得Unigene进行不同数据库注释,22 048和14 417个Unigene分别在Nr和Swiss Prot数据库有同源比对信息,并发现有29个Unigene与花青素合成相关;Pfam功能注释到13 909个Unigene分为5 198类相关蛋白功能区域,有12个Unigene涉及到花青素合成;GO注释到11 613个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类51个功能组,有24个Unigene与花青素合成有关;COG注释到的6 589个Unigene功能系统分为24类,而KOG注释到的13 498个Unigene功能系统分为25类;以KEGG数据库为参考,将4 466个Unigene定位到108个代谢途径分支,其中有47个Unigene与类黄酮生物合成相关。
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| 关 键 词： | 紫背天葵 转录组 测序 基因分析 功能注释 |
Sequencing and Analysis of the Transcriptome of Gynura bicolor |
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| ZHANG Shao-ping,,HONG Jian-ji,QIU Shan-lian,,ZHENG Yun-yun,,ZHANG Shuai,WU Song-hai,HE Yan-sen,ZHENG Kai-bin,,ZHENG Jia-xie. Sequencing and Analysis of the Transcriptome of Gynura bicolor[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2016, 43(5): 935-946. DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0140 |
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| Authors: | ZHANG Shao-ping HONG Jian-ji QIU Shan-lian ZHENG Yun-yun ZHANG Shuai WU Song-hai HE Yan-sen ZHENG Kai-bin ZHENG Jia-xie |
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| Affiliation: | （1Subtropical Agriculture Research Institute，Fujian Academy of Agricultural Sciences，Zhangzhou，Fujian 363005，China；2Crop Sciences Institute，Fujian Academy of Agricultural Sciences，Fuzhou 350013，China） |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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