| 甘薯羽状斑驳病毒海南分离物全基因组序列克隆及分析 |
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| 引用本文： | 李嘉莹,沈文涛,庹德财,朱国鹏,黎小瑛,言普,周鹏.甘薯羽状斑驳病毒海南分离物全基因组序列克隆及分析[J].分子植物育种,2020(8):2445-2451. |
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| 作者姓名： | 李嘉莹 沈文涛 庹德财 朱国鹏 黎小瑛 言普 周鹏 |
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| 作者单位： | 海南大学园艺学院;中国热带农业科学院热带生物技术研究所 |
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| 基金项目： | 海南省重点研发计划(ZDYF2019030)资助。 |
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| 摘 要： | 为了明确海南本地甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)种群的遗传进化关系及致病机理,本研究利用Small RNA测序技术对采自海南的甘薯样品进行鉴定,获得与SPFMV序列具有相似性的85个contigs,与NC_001841相似性较高。试验设计了5对共8条引物,分别为SPFMV-1F/1R、SPFMV-11F/1R、SPFMV-2F/2R、SPFMV-3F/3R和SPFMV-3F/33R PCR,扩增获得3987 bp、3710 bp、1996 bp、3369 bp和4730 bp目的片段。在此基础上再分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增,序列拼接获得SPFMV-HN基因组全序列,其包含完整编码阅读框。本研究结果首次报道SPFMV海南分离物基因组全长,并且在P1区预测到另一个外框元件(pretty interesting sweet potato potyviral ORF,PISPO),聚合酶滑移机制可以产生带有额外核苷酸的转录变体,这些核苷酸可以翻译为P1N-PISPO和P3N-PIPO。本研究结果为进一步探究SPFMV致病分子机理和培育抗病甘薯品种奠定研究基础。
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| 关 键 词： | 甘薯羽状斑驳病毒 SMALL RNA测序技术 全基因测序 序列分析 |
Complete Genome Sequencing and Analysis of Sweet potato feathery mottle virus(SPFMV)Isolates from Hainan |
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| Li Jiaying,Shen Wentao,Tuo Decai,Zhu Guopeng,Li Xiaoying,Yan Pu,Zhou Peng.Complete Genome Sequencing and Analysis of Sweet potato feathery mottle virus(SPFMV)Isolates from Hainan[J].Molecular Plant Breeding,2020(8):2445-2451. |
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| Authors: | Li Jiaying Shen Wentao Tuo Decai Zhu Guopeng Li Xiaoying Yan Pu Zhou Peng |
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| Institution: | (College of Horticulture,Hainan University,Haikou,570228;Hainan Academy of Tropical Agricultural Resource,Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology,Chinese Academy of Tropical Agricultural Science,Haikou,571101) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Sweet potato feathery mottle virus(SPFMV) Small RNA sequencing Complete genome sequence Sequence analysis |
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