| 基于高通量测序的芍药属杂交种胚转录组分析 |
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| 引用本文： | 贺丹,苏晓迪,何松林,张佼蕊,谢栋博,王政,刘艺平,张曼.基于高通量测序的芍药属杂交种胚转录组分析[J].分子植物育种,2020(2):381-387. |
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| 作者姓名： | 贺丹 苏晓迪 何松林 张佼蕊 谢栋博 王政 刘艺平 张曼 |
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| 作者单位： | 河南农业大学林学院;河南科技学院园艺园林学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31600568;31140057);河南农业大学科技创新基金项目(KJCX2015A03);河南农业大学博士启动基金(30600408)共同资助 |
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| 摘 要： | 为了研究牡丹、芍药远缘杂交胚败育的分子机理,本研究使用BGISEQ-500平台对牡丹、芍药杂交种胚转录组进行测序,通过测序,共得到了92.02 Gb数据。通过拼接组装去冗余后得到了86 195个Unigene,平均长度为1 189 bp。86 195个Unigene在七大功能数据库中进行注释,最终分别有49 172 (NR:57.05%)、38 352(NT:44.49%)、36 477 (Swiss Prot:42.32%)、38 905 (KOG:45.14%)、37 993 (KEGG:44.08%)、26 832 (GO:31.13%)以及37 758 (Pfam:43.81%)个Unigene获得功能注释。同时还检测出21 998个SSR分布于17 567个Unigene中,其中二核苷酸和三核苷酸这两种重复类型分别有5 628个和2 906个。在17 567个Unigene中预测出1 671个编码转录因子。不同发育时期的胚转录组数据中共筛选出13 974个差异表达基因,其中上调基因有8 647个,下调基因有5 327个。该转录组测序分析为寻找牡丹、芍药远缘杂交胚败育相关基因提供了一定的理论参考。
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| 关 键 词： | 芍药(Paeonia lactiflora) 种胚 高通量测序 转录组 |
| 本文献已被 CNKI 维普 等数据库收录！ |
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