| 黄药大头茶叶绿体基因组密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 高灿, 樊智丰, 马长乐. 黄药大头茶叶绿体基因组密码子偏好性分析[J]. 西南林业大学学报（自然科学）, 2023, 43(5): 66–76.doi:10.11929/j.swfu.202203018 |
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| 作者姓名： | 高灿 樊智丰 马长乐 |
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| 作者单位： | 1. 西南林业大学园林园艺学院,云南 昆明 650233;2. 国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心,云南 昆明 650233;3. 昆明理工大学后勤保障服务中心,云南 昆明 650093 |
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| 摘 要： | 为探究黄药大头茶叶绿体基因组密码子使用模式和影响因素,利用CodonW和CUSP在线程序对筛选出的42条CDS进行分析。结果表明：黄药大头茶叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同,偏好以A/U结尾;ENC值介于35.64～53.19,密码子偏好性较弱;密码子数量与GC3和ENC之间呈显著正相关,密码子的偏好性与基因长度有关。中性绘图分析、奇偶偏好性分析和有效密码子绘图分析结果显示：自然选择对密码子使用模式有重要影响,19个最优密码子进一步证明了密码子偏好以A/U结尾。CDS系统发育树偏向于物种进化关系的构建,RSCU聚类重在对密码子特殊进化规律的挖掘,二者可为推测物种、基因间的相似度和进化关系提供重要数据。本研究为黄药大头茶密码子的进化特征及叶绿体基因工程研究提供了有用信息。
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| 关 键 词： | 黄药大头茶 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 系统发育 |
| 收稿时间： | 2022-03-09 |
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