穗花杉的转录组测序及其转录组特性分析 |
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引用本文: | 王帅,邵芬娟,李论,芦强,邱德有.穗花杉的转录组测序及其转录组特性分析[J].林业科学研究,2017,30(5):759-764. |
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作者姓名: | 王帅 邵芬娟 李论 芦强 邱德有 |
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作者单位: | 中国林业科学研究院林业研究所, 北京 100091,中国林业科学研究院林业研究所, 北京 100091,广西桂林小庐山生态农业发展有限公司, 广西 桂林 541205,中国林业科学研究院林业研究所, 北京 100091,中国林业科学研究院林业研究所, 北京 100091 |
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基金项目: | 国家重点研发计划"极小种群野生植物就地保护及生境恢复技术研究与示范"课题(2016YFC0503103)。 |
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摘 要: | 目的]通过对红豆杉科穗花杉属的穗花杉进行转录组测序,为穗花杉的萜类合成途径和分类学研究提供支持。方法]利用Hi Seq2500技术对穗花杉的茎叶进行转录组测序。结果]穗花杉转录组测序共得到8.14 Gb的clean data。从头组装共获得82 884条unigene,其中有27 495条unigene被注释。此外,在82 884条unigene中共搜索到2 827个SSR位点,单核苷酸重复SSR出现频率最高(60.1%),其次为三核苷酸重复SSR(25.4%)。在穗花杉unigene中挖掘出了1个牦牛儿基焦磷酸合成酶(GPS)、1个法尼烯基焦磷酸合成酶(FPS)和5个牦牛儿基牦牛儿基焦磷酸合成酶(GGPS)的同源基因,同时得到紫杉二烯合成酶(TS)同源基因13个。结论]发现了20个与萜类合成有关的unigene和2 827个SSR位点,为今后穗花杉萜类生物合成研究,特别是紫杉二烯合成酶编码基因的研究打下了基础,也为该物种系统分类地位及遗传多样性研究提供了新的遗传信息。
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关 键 词: | 穗花杉 转录组 SSR 萜类合成基因 分类 |
收稿时间: | 2016/2/6 0:00:00 |
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